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- PDB-9ayz: T-state HbG Makassar hemoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ayz
タイトルT-state HbG Makassar hemoglobin
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT / hemoglobin / Makassar / sickle / E6A
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Lee, S.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Base editing HbS to HbG-Makassar improves hemoglobin function supporting its use in sickle cell disease.
著者: Kostamo, Z. / Ortega, M.A. / Xu, C. / Feliciano, P.R. / Budak, E. / Lam, D. / Winton, V. / Jenkins, R. / Venugopal, A. / Zhang, M. / Jamieson, J. / Coisman, B. / Goldsborough, K. / Hernandez, ...著者: Kostamo, Z. / Ortega, M.A. / Xu, C. / Feliciano, P.R. / Budak, E. / Lam, D. / Winton, V. / Jenkins, R. / Venugopal, A. / Zhang, M. / Jamieson, J. / Coisman, B. / Goldsborough, K. / Hernandez, B. / Kanne, C.K. / Evans, E.N. / Zgodny, J. / Zhang, Y. / Darazim, J. / Patel, A. / Pendergast, M.A. / Manis, J. / Hartigan, A.J. / Ciaramella, G. / Lee, S.J. / Chu, S.H. / Sheehan, V.A.
履歴
登録2024年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,86216
ポリマ－123,9308
非ポリマー4,9328
水2,396133
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4318
ポリマ－61,9654
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11000 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4318
ポリマ－61,9654
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10820 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.625, 109.187, 82.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15832.163 Da / 分子数: 4 / Mutation: E6A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.055 M Citric acid, 0.045 M Bis-Tris propane, pH 4.5, 22% PEG 3,350 under low oxygen conditions on an MBraun anaerobic glove box

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月14日
詳細: white beam slits, a double crystal Si(111) monochromator with horizontal axis, tandem flat beam deflecting mirrors (Pd coating), and Kirkpatrick-Baez focusing mirrors, which are Pd coated and ...詳細: white beam slits, a double crystal Si(111) monochromator with horizontal axis, tandem flat beam deflecting mirrors (Pd coating), and Kirkpatrick-Baez focusing mirrors, which are Pd coated and able to bend adaptively using 16 piezo actuators. Each optical element is preceded by slits and its transmitted beam is monitored by beam position monitors or retractable screens
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→41.07 Å / Num. obs: 52302 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 53.02 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3801 / CC1/2: 0.142 / Rpim(I) all: 1.152 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→41.05 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 79.1 / 位相誤差: 35.47 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 2611 5 %
Rwork0.2297 --
obs0.2317 52234 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→41.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8426 0 258 133 8817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49512498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3021268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.280.33231330.34762666X-RAY DIFFRACTION91
2.28-2.330.34491370.31082726X-RAY DIFFRACTION93
2.33-2.380.31471420.30062740X-RAY DIFFRACTION93
2.38-2.430.34281440.31292715X-RAY DIFFRACTION93
2.43-2.50.33181280.30642778X-RAY DIFFRACTION94
2.5-2.560.33081430.312713X-RAY DIFFRACTION93
2.56-2.640.31871440.29952745X-RAY DIFFRACTION93
2.64-2.720.32521360.29512798X-RAY DIFFRACTION93
2.72-2.820.30781450.29592695X-RAY DIFFRACTION93
2.82-2.930.28641700.28642749X-RAY DIFFRACTION93
2.93-3.070.29421680.26972728X-RAY DIFFRACTION93
3.07-3.230.26731130.25892799X-RAY DIFFRACTION95
3.23-3.430.24881560.24462761X-RAY DIFFRACTION93
3.43-3.70.23951550.2122789X-RAY DIFFRACTION94
3.7-4.070.21131410.19232774X-RAY DIFFRACTION94
4.07-4.660.21571480.17352788X-RAY DIFFRACTION94
4.66-5.860.22411250.19552833X-RAY DIFFRACTION95
5.86-41.050.24691350.18122874X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.3173 Å / Origin y: 1.5645 Å / Origin z: -20.6235 Å
111213212223313233
T0.3111 Å20.0376 Å2-0.0099 Å2-0.2952 Å2-0.0538 Å2--0.2325 Å2
L0.4223 °2-0.1204 °20.1713 °2-0.3114 °2-0.4833 °2--0.7793 °2
S-0.0335 Å °-0.1112 Å °-0.0013 Å °0.0268 Å °0.028 Å °0.0003 Å °-0.0219 Å °-0.0746 Å °0.0106 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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