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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ayg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of apo state human Cav3.2 | ||||||
![]() | Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1H | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Cav3.2 / voltage gated calcium channel / cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | ![]() low voltage-gated calcium channel activity / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / positive regulation of acrosome reaction / high voltage-gated calcium channel activity / cellular response to potassium ion / voltage-gated monoatomic ion channel activity / myoblast fusion / NCAM1 interactions / calcium ion import ...low voltage-gated calcium channel activity / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / positive regulation of acrosome reaction / high voltage-gated calcium channel activity / cellular response to potassium ion / voltage-gated monoatomic ion channel activity / myoblast fusion / NCAM1 interactions / calcium ion import / inorganic cation transmembrane transport / muscle organ development / voltage-gated calcium channel complex / regulation of heart contraction / calcium ion import across plasma membrane / Smooth Muscle Contraction / muscle contraction / cellular response to hormone stimulus / regulation of membrane potential / scaffold protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
![]() | Fan, X. / Huang, J. / Yan, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for human Ca3.2 inhibition by selective antagonists. 著者: Jian Huang / Xiao Fan / Xueqin Jin / Chen Lyu / Qinmeng Guo / Tao Liu / Jiaofeng Chen / Amaël Davakan / Philippe Lory / Nieng Yan / ![]() ![]() ![]() 要旨: The Ca3.2 subtype of T-type calcium channels has been targeted for developing analgesics and anti-epileptics for its role in pain and epilepsy. Here we present the cryo-EM structures of Ca3.2 alone ...The Ca3.2 subtype of T-type calcium channels has been targeted for developing analgesics and anti-epileptics for its role in pain and epilepsy. Here we present the cryo-EM structures of Ca3.2 alone and in complex with four T-type calcium channel selective antagonists with overall resolutions ranging from 2.8 Å to 3.2 Å. The four compounds display two binding poses. ACT-709478 and TTA-A2 both place their cyclopropylphenyl-containing ends in the central cavity to directly obstruct ion flow, meanwhile extending their polar tails into the IV-I fenestration. TTA-P2 and ML218 project their 3,5-dichlorobenzamide groups into the II-III fenestration and place their hydrophobic tails in the cavity to impede ion permeation. The fenestration-penetrating mode immediately affords an explanation for the state-dependent activities of these antagonists. Structure-guided mutational analysis identifies several key residues that determine the T-type preference of these drugs. The structures also suggest the role of an endogenous lipid in stabilizing drug binding in the central cavity. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43991MC ![]() 9ayhC ![]() 9ayjC ![]() 9aykC ![]() 9aylC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 234853.609 Da / 分子数: 1 断片: UNP residues 1-491,772-2353,UNP residues 1-491,772-2353 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 10分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/LPE.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/LPE.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-LPE / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-Y01 / #6: 化合物 | ChemComp-JL3 / [( 分子量: 663.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H70NO8P |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1H タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103429 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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