[日本語] English
万見
- PDB-9ayd: Mitochondrial fission 1 (Fis1) protein structure Y38E mutation 1.53A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ayd
タイトルMitochondrial fission 1 (Fis1) protein structure Y38E mutation 1.53A
要素Mitochondrial fission 1 protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Fis1 structure / Mitochondrial fission / Drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


response to flavonoid / negative regulation of fatty acid transport / negative regulation of ATP metabolic process / response to fluoride / response to hypobaric hypoxia / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome fission / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / cellular response to peptide / cellular response to toxic substance ...response to flavonoid / negative regulation of fatty acid transport / negative regulation of ATP metabolic process / response to fluoride / response to hypobaric hypoxia / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome fission / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / cellular response to peptide / cellular response to toxic substance / mitochondrial fission / cellular response to lipid / peroxisomal membrane / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of mitochondrial fission / response to muscle activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / mitochondrion organization / cellular response to glucose stimulus / response to nutrient levels / peroxisome / positive regulation of neuron apoptotic process / molecular adaptor activity / mitochondrial outer membrane / lipid binding / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondria fission 1 protein / Fis1, N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1, C-terminal tetratricopeptide repeat / Mitochondria fission protein Fis1, cytosolic domain / Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Mitochondrial fission 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Mathews, I.I. / Pokhrel, S. / Wakatsuki, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM133894 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A hidden cysteine in Fis1 targeted to prevent excessive mitochondrial fission and dysfunction under oxidative stress.
著者: Pokhrel, S. / Heo, G. / Mathews, I. / Yokoi, S. / Matsui, T. / Mitsutake, A. / Wakatsuki, S. / Mochly-Rosen, D.
履歴
登録2024年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial fission 1 protein
B: Mitochondrial fission 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4505
ポリマ－30,0912
非ポリマー3593
水3,459192
1
A: Mitochondrial fission 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2553
ポリマ－15,0451
非ポリマー2092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitochondrial fission 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1952
ポリマ－15,0451
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.500, 81.440, 47.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-372-

HOH

21B-373-

HOH

31B-397-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial fission 1 protein / FIS1 homolog / hFis1 / Tetratricopeptide repeat protein 11 / TPR repeat protein 11


分子量: 15045.287 Da / 分子数: 2 / 変異: Y38E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIS1, TTC11, CGI-135 / Cell (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3D6
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate (pH 4.5), 30% PEG smear low

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月9日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→38.861 Å / Num. obs: 40271 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 22.25
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.53-1.572.37529610.752.4671
1.57-1.611.95628410.8292.0321
1.61-1.661.56327910.8551.6251
1.66-1.711.3927150.881.4471
1.71-1.771.19825960.8891.2521
1.77-1.830.81125290.9630.8421
1.83-1.90.5524820.9850.5721
1.9-1.980.39723860.9920.4121
1.98-2.060.26822700.9940.2791
2.06-2.160.16321680.9970.1691
2.16-2.280.11420710.9980.1191
2.28-2.420.07919830.9990.0831
2.42-2.590.06218660.9990.0641
2.59-2.790.05117550.9990.0531
2.79-3.060.04415940.9990.0461
3.06-3.420.03314600.9990.0351
3.42-3.950.027130310.0281
3.95-4.840.024111310.0251
4.84-6.840.02387010.0241
6.84-38.8610.025170.9990.0211

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→38.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.737 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2259 2014 5 %RANDOM
Rwork0.18093 ---
obs0.1832 38258 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å2-0 Å20 Å2
2--1.63 Å2-0 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.53→38.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 24 192 2330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0122242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1371.6473006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4031.595175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1665274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.756514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.2910461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5952.7321076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5782.731075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.234.9081356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2294.911357
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8453.2411166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8443.2421167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5235.7421651
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.278580.362708
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.981587.652668
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.65334473
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 148 -
Rwork0.232 2808 -
obs--99.36 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る