PDB-9awr: Crystal structure of trypsin at 275 Kelvin with benzamidine (dupl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awr

タイトル

Crystal structure of trypsin at 275 Kelvin with benzamidine (duplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.491 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 275 Kelvin with benzamidine (duplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awr.cif.gz	61.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awr.ent.gz	40.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.258, 57.015, 66.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 275 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.491→25.157 Å / Num. obs: 34045 / % possible obs: 98.58 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.743 / Net I/σ(I): 1.57
反射シェル	解像度: 1.5→25.14 Å / Num. unique obs: 1687 / CC_1/2: 0.743

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.491→25.157 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / WR_factor R_free: 0.213 / WR_factor R_work: 0.186 / SU B: 2.601 / SU ML: 0.085 / Average fsc free: 0.9237 / Average fsc work: 0.9252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	1687	4.955 %
R_work	0.2392	32358	-
all	0.24	-	-
obs	-	34045	98.521 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.398 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.421 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.024 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.491→25.157 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	129	1768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.58	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.535	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.221	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.106	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.721	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.764	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.408	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.161	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.069	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.448	1.133	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.447	1.133	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.42	2.035	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.42	2.035	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.072	1.3	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.071	1.299	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.221	2.267	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.22	2.266	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.197	14.539	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.928	13.795	1788

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.491-1.53	0.533	95	0.517	2068	0.518	2504	0.804	0.812	86.3818	0.518
1.53-1.572	0.5	100	0.494	2299	0.494	2463	0.801	0.789	97.4015	0.489
1.572-1.617	0.461	104	0.443	2230	0.444	2378	0.773	0.786	98.1497	0.431
1.617-1.667	0.376	104	0.378	2179	0.378	2307	0.883	0.871	98.9597	0.36
1.667-1.721	0.343	103	0.326	2148	0.327	2258	0.906	0.911	99.69	0.307
1.721-1.781	0.34	123	0.3	2043	0.302	2169	0.908	0.928	99.8617	0.277
1.781-1.848	0.271	111	0.241	1977	0.242	2089	0.955	0.956	99.9521	0.214
1.848-1.923	0.248	123	0.215	1907	0.217	2032	0.956	0.968	99.9016	0.186
1.923-2.008	0.239	95	0.193	1854	0.195	1950	0.962	0.975	99.9487	0.164
2.008-2.105	0.207	101	0.173	1772	0.175	1873	0.977	0.981	100	0.144
2.105-2.218	0.222	76	0.174	1694	0.176	1770	0.969	0.98	100	0.144
2.218-2.352	0.199	81	0.168	1599	0.169	1681	0.974	0.982	99.9405	0.142
2.352-2.513	0.196	95	0.167	1506	0.169	1601	0.973	0.982	100	0.142
2.513-2.712	0.187	75	0.172	1423	0.173	1498	0.976	0.982	100	0.148
2.712-2.967	0.214	70	0.177	1304	0.179	1374	0.972	0.98	100	0.157
2.967-3.312	0.22	54	0.169	1200	0.171	1255	0.969	0.98	99.9203	0.154
3.312-3.813	0.2	59	0.158	1058	0.16	1118	0.976	0.984	99.9106	0.145
3.813-4.643	0.182	55	0.149	910	0.15	967	0.981	0.987	99.7932	0.142
4.643-6.457	0.215	43	0.178	724	0.18	767	0.972	0.981	100	0.169
6.457-25.157	0.276	20	0.211	464	0.213	486	0.947	0.966	99.5885	0.212

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関連情報:EMDBヘッダ

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