PDB-9awq: Crystal structure of trypsin at 275 Kelvin with benzamidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awq

タイトル

Crystal structure of trypsin at 275 Kelvin with benzamidine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.491 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 275 Kelvin with benzamidine
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awq.cif.gz	60.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awq.ent.gz	39.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9awq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9awq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9awq_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	9awq_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.440, 57.339, 67.134
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 275 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月8日
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.491→21.8 Å / Num. obs: 33357 / % possible obs: 95.47 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.804 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.5→21.8 Å / Num. unique obs: 1669 / CC_1/2: 0.804

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.491→21.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.098 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	1669	5.003 %
R_work	0.2262	31688	-
all	0.228	-	-
obs	-	33357	95.469 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.013 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.013 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.491→21.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	120	1759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.619	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.506	1.552	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.017	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.65	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.089	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.781	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.949	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	835
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.362	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.116	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.627	1.966	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.626	1.966	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.391	2.949	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.39	2.949	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.521	2.194	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.52	2.194	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.745	3.171	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.745	3.171	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.714	29.335	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.371	27.217	1831

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.491-1.529	0.468	126	0.489	2011	0.488	2510	0.801	0.783	85.1394	0.463
1.529-1.571	0.445	96	0.464	2182	0.463	2478	0.853	0.782	91.929	0.453
1.571-1.616	0.405	95	0.43	2084	0.429	2397	0.855	0.836	90.9053	0.416
1.616-1.666	0.453	108	0.433	1971	0.434	2352	0.832	0.856	88.3929	0.423
1.666-1.72	0.457	103	0.442	1974	0.443	2255	0.885	0.879	92.1064	0.416
1.72-1.78	0.38	126	0.374	1992	0.374	2187	0.923	0.918	96.845	0.339
1.78-1.847	0.392	93	0.314	2043	0.317	2157	0.9	0.932	99.0264	0.261
1.847-1.922	0.336	103	0.278	1932	0.281	2056	0.923	0.942	98.9786	0.233
1.922-2.007	0.327	118	0.279	1807	0.282	1951	0.924	0.945	98.6674	0.238
2.007-2.104	0.349	97	0.25	1757	0.255	1891	0.918	0.958	98.0434	0.206
2.104-2.216	0.218	95	0.211	1686	0.211	1800	0.971	0.974	98.9444	0.182
2.216-2.349	0.257	64	0.184	1618	0.186	1700	0.954	0.979	98.9412	0.165
2.349-2.509	0.254	73	0.172	1536	0.176	1614	0.957	0.981	99.6902	0.155
2.509-2.707	0.23	71	0.154	1435	0.157	1511	0.968	0.984	99.6691	0.143
2.707-2.961	0.202	82	0.159	1306	0.161	1392	0.971	0.984	99.7126	0.151
2.961-3.303	0.199	60	0.148	1212	0.15	1276	0.977	0.986	99.6865	0.143
3.303-3.8	0.206	57	0.148	1067	0.151	1133	0.979	0.986	99.2057	0.149
3.8-4.619	0.189	48	0.162	915	0.163	975	0.978	0.983	98.7692	0.166
4.619-6.39	0.299	28	0.205	711	0.208	790	0.961	0.976	93.5443	0.213
6.39-21.8	0.204	26	0.199	448	0.199	498	0.985	0.968	95.1807	0.224

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