PDB-9awp: Crystal structure of trypsin at 250 Kelvin with benzamidine (trip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awp

タイトル

Crystal structure of trypsin at 250 Kelvin with benzamidine (triplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 250 Kelvin with benzamidine (triplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awp.cif.gz	62.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awp.ent.gz	41.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.830, 56.991, 66.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 250 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→26.929 Å / Num. obs: 33223 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.863 / Net I/σ(I): 11.05
反射シェル	解像度: 1.5→26.91 Å / Num. unique obs: 1649 / CC_1/2: 0.863

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.497→26.929 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.176 / WR_factor R_work: 0.153 / SU B: 1.525 / SU ML: 0.053 / Average fsc free: 0.9633 / Average fsc work: 0.9691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1993	1649	4.963 %
R_work	0.176	31574	-
all	0.177	-	-
obs	-	33223	98.825 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.726 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.243 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.242 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→26.929 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	176	1815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.814	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.652	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.308	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.931	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.945	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.672	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.576	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	833
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.351	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.125	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.752	1.395	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.751	1.394	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.685	2.508	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.685	2.508	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.92	1.623	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.918	1.622	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.306	2.83	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.306	2.83	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.063	18.971	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.873	17.649	1818

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.497-1.536	0.478	100	0.414	2100	0.417	2461	0.874	0.901	89.3946	0.413
1.536-1.578	0.411	104	0.38	2206	0.381	2367	0.911	0.918	97.5919	0.363
1.578-1.624	0.365	100	0.307	2194	0.31	2317	0.937	0.946	99.0073	0.277
1.624-1.673	0.285	98	0.265	2139	0.266	2251	0.956	0.958	99.3781	0.23
1.673-1.728	0.231	100	0.232	2065	0.232	2173	0.968	0.967	99.6318	0.194
1.728-1.788	0.242	119	0.195	2007	0.197	2132	0.966	0.976	99.7186	0.159
1.788-1.856	0.187	106	0.171	1925	0.171	2039	0.981	0.982	99.6077	0.141
1.856-1.931	0.201	111	0.157	1853	0.159	1965	0.977	0.985	99.9491	0.133
1.931-2.016	0.167	101	0.15	1788	0.151	1889	0.981	0.987	100	0.133
2.016-2.114	0.164	96	0.145	1714	0.146	1810	0.984	0.989	100	0.13
2.114-2.228	0.164	84	0.146	1657	0.147	1741	0.983	0.989	100	0.134
2.228-2.362	0.161	69	0.137	1569	0.138	1638	0.979	0.99	100	0.122
2.362-2.524	0.176	90	0.143	1469	0.145	1559	0.983	0.988	100	0.128
2.524-2.724	0.21	72	0.144	1374	0.147	1446	0.969	0.987	100	0.131
2.724-2.981	0.189	68	0.159	1271	0.161	1339	0.979	0.984	100	0.145
2.981-3.327	0.131	62	0.157	1168	0.156	1230	0.989	0.984	100	0.147
3.327-3.832	0.161	60	0.14	1030	0.141	1090	0.983	0.987	100	0.135
3.832-4.67	0.148	42	0.142	891	0.142	933	0.989	0.988	100	0.142
4.67-6.508	0.239	50	0.194	700	0.197	750	0.976	0.981	100	0.195
6.508-26.929	0.365	17	0.224	454	0.228	471	0.91	0.971	100	0.233

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