PDB-9awo: Crystal structure of trypsin at 250 Kelvin with benzamidine (dupl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awo

タイトル

Crystal structure of trypsin at 250 Kelvin with benzamidine (duplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 250 Kelvin with benzamidine (duplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awo.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awo.ent.gz	41.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9awo_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9awo_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	9awo_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	9awo_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.824, 56.986, 66.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 250 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→26.926 Å / Num. obs: 33256 / % possible obs: 98.77 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.622 / Net I/σ(I): 3.18
反射シェル	解像度: 1.5→26.91 Å / Num. unique obs: 1650 / CC_1/2: 0.622

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.497→26.926 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.182 / WR_factor R_work: 0.158 / SU B: 1.607 / SU ML: 0.056 / Average fsc free: 0.9611 / Average fsc work: 0.9665 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	1650	4.962 %
R_work	0.1815	31605	-
all	0.183	-	-
obs	-	33255	98.944 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.361 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→26.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	168	1807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.75	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.628	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.331	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.815	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.721	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.991	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.327	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	842
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.349	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.026	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.112	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.011	1.453	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.011	1.452	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.14	2.61	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.141	2.611	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.857	1.67	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.855	1.67	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.222	2.918	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.222	2.918	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.643	18.242	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.39	17.4	1819

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.497-1.536	0.479	101	0.426	2116	0.428	2459	0.871	0.894	90.1586	0.428
1.536-1.578	0.402	103	0.397	2221	0.397	2369	0.908	0.908	98.1005	0.385
1.578-1.623	0.389	100	0.319	2196	0.322	2317	0.923	0.94	99.0937	0.291
1.623-1.673	0.307	99	0.276	2137	0.278	2249	0.955	0.954	99.422	0.243
1.673-1.728	0.225	100	0.238	2063	0.237	2172	0.969	0.966	99.5856	0.201
1.728-1.788	0.244	119	0.198	2011	0.2	2136	0.965	0.975	99.7191	0.164
1.788-1.855	0.2	106	0.178	1925	0.179	2039	0.977	0.98	99.6077	0.151
1.855-1.931	0.214	111	0.165	1850	0.168	1964	0.975	0.984	99.8473	0.143
1.931-2.016	0.177	101	0.157	1789	0.158	1890	0.98	0.986	100	0.141
2.016-2.114	0.17	95	0.152	1714	0.153	1809	0.985	0.989	100	0.137
2.114-2.227	0.175	85	0.149	1656	0.15	1741	0.983	0.989	100	0.137
2.227-2.362	0.172	69	0.142	1570	0.144	1639	0.978	0.989	100	0.128
2.362-2.523	0.164	90	0.148	1469	0.149	1559	0.984	0.987	100	0.132
2.523-2.723	0.23	72	0.151	1374	0.154	1446	0.967	0.986	100	0.135
2.723-2.98	0.207	68	0.163	1271	0.165	1339	0.977	0.984	100	0.148
2.98-3.327	0.153	62	0.162	1168	0.161	1230	0.986	0.983	100	0.149
3.327-3.832	0.173	60	0.146	1030	0.147	1090	0.982	0.986	100	0.14
3.832-4.669	0.151	42	0.147	891	0.147	933	0.987	0.987	100	0.145
4.669-6.507	0.214	50	0.197	700	0.199	750	0.978	0.982	100	0.198
6.507-26.926	0.387	17	0.227	454	0.232	471	0.915	0.971	100	0.232

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