PDB-9awm: Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine (Trip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awm

タイトル

Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine (Triplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.499 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine (Triplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awm.cif.gz	62.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awm.ent.gz	41.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9awm_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9awm_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	9awm_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	9awm_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.866, 57.041, 66.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 225 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.499→23.59 Å / Num. obs: 33354 / % possible obs: 93.81 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.808 / Net I/σ(I): 7.51
反射シェル	解像度: 1.5→23.58 Å / Num. unique obs: 1652 / CC_1/2: 0.808

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.499→23.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.16 / SU B: 1.911 / SU ML: 0.065 / Average fsc free: 0.9522 / Average fsc work: 0.9571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	1652	4.953 %
R_work	0.1911	31702	-
all	0.193	-	-
obs	-	33354	99.073 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.447 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.036 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.089 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.053 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.499→23.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	193	1832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.718	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.608	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.717	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.692	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.011	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.589	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.397	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	946
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.323	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.127	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.491	1.292	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.489	1.292	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.371	2.319	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.37	2.32	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.379	1.488	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.377	1.488	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.671	2.6	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.671	2.599	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.664	17.146	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.421	16.36	1844

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.499-1.538	0.452	106	0.417	2188	0.419	2454	0.854	0.864	93.48	0.424
1.538-1.58	0.438	101	0.377	2220	0.38	2372	0.859	0.889	97.8499	0.369
1.58-1.625	0.334	102	0.331	2195	0.331	2330	0.908	0.912	98.5837	0.31
1.625-1.675	0.29	96	0.285	2128	0.285	2239	0.943	0.939	99.3301	0.261
1.675-1.73	0.221	101	0.255	2069	0.254	2177	0.965	0.952	99.6785	0.227
1.73-1.79	0.282	121	0.215	2018	0.218	2143	0.951	0.967	99.8133	0.179
1.79-1.857	0.215	102	0.202	1923	0.203	2037	0.972	0.972	99.4109	0.17
1.857-1.933	0.242	110	0.172	1849	0.176	1964	0.965	0.98	99.7454	0.142
1.933-2.018	0.199	102	0.16	1794	0.163	1898	0.975	0.983	99.8946	0.134
2.018-2.116	0.191	97	0.149	1716	0.152	1814	0.979	0.986	99.9449	0.125
2.116-2.229	0.162	85	0.148	1651	0.148	1736	0.983	0.986	100	0.124
2.229-2.363	0.184	68	0.134	1575	0.136	1644	0.977	0.989	99.9392	0.112
2.363-2.525	0.165	91	0.145	1467	0.146	1558	0.982	0.987	100	0.123
2.525-2.724	0.237	73	0.158	1378	0.161	1451	0.964	0.984	100	0.137
2.724-2.98	0.241	67	0.171	1272	0.175	1339	0.968	0.981	100	0.152
2.98-3.325	0.166	62	0.161	1165	0.162	1228	0.984	0.983	99.9186	0.15
3.325-3.827	0.182	60	0.151	1040	0.152	1101	0.981	0.985	99.9092	0.145
3.827-4.657	0.17	42	0.142	891	0.144	933	0.984	0.988	100	0.139
4.657-6.461	0.194	49	0.187	703	0.187	752	0.981	0.981	100	0.186
6.461-23.59	0.187	17	0.201	460	0.2	478	0.968	0.973	99.7908	0.216

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