PDB-9awl: Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine (dupl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awl

タイトル

Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine (duplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine (duplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awl.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awl.ent.gz	41.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9awl_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9awl_full_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示
XML形式データ	9awl_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	9awl_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.005, 57.109, 66.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 225 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→24.423 Å / Num. obs: 31374 / % possible obs: 93.19 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.703 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.5→24.42 Å / Num. unique obs: 1566 / CC_1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→24.423 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / WR_factor R_free: 0.246 / WR_factor R_work: 0.202 / SU B: 4.258 / SU ML: 0.13 / Average fsc free: 0.8713 / Average fsc work: 0.8743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3008	1566	4.992 %
R_work	0.2643	29807	-
all	0.266	-	-
obs	-	31373	93.261 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.655 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.731 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.076 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	173	1812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.556	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.059	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.06	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.395	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.212	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.073	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.36	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.198	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.482	1.529	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.481	1.529	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.413	2.744	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.412	2.744	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.152	1.695	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.15	1.695	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.415	2.999	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.414	2.998	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.451	19.332	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.245	17.928	1860

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.538	0.571	104	0.555	1973	0.556	2440	0.688	0.749	85.1229	0.549
1.538-1.58	0.592	75	0.565	1703	0.566	2374	0.58	0.605	74.8947	0.545
1.58-1.626	0.479	71	0.544	1694	0.541	2332	0.728	0.669	75.6861	0.521
1.626-1.676	0.515	83	0.519	1765	0.519	2246	0.708	0.724	82.2796	0.504
1.676-1.731	0.483	93	0.482	1892	0.482	2180	0.739	0.753	91.055	0.468
1.731-1.791	0.372	115	0.426	1914	0.423	2130	0.892	0.819	95.2582	0.4
1.791-1.858	0.387	110	0.364	1898	0.365	2033	0.868	0.891	98.7703	0.336
1.858-1.934	0.325	108	0.27	1858	0.273	1970	0.915	0.941	99.797	0.241
1.934-2.019	0.324	103	0.231	1794	0.236	1900	0.937	0.961	99.8421	0.202
2.019-2.117	0.265	93	0.21	1714	0.213	1808	0.951	0.968	99.9447	0.181
2.117-2.23	0.308	71	0.225	1666	0.229	1737	0.942	0.965	100	0.197
2.23-2.365	0.241	87	0.188	1562	0.191	1649	0.958	0.976	100	0.159
2.365-2.526	0.216	84	0.175	1465	0.177	1549	0.973	0.98	100	0.153
2.526-2.726	0.226	76	0.187	1379	0.189	1455	0.967	0.977	100	0.164
2.726-2.983	0.258	69	0.201	1269	0.204	1338	0.953	0.972	100	0.182
2.983-3.328	0.256	51	0.193	1179	0.196	1230	0.957	0.974	100	0.179
3.328-3.831	0.216	57	0.163	1037	0.166	1094	0.969	0.983	100	0.153
3.831-4.664	0.201	54	0.144	884	0.147	938	0.979	0.987	100	0.139
4.664-6.479	0.229	42	0.169	705	0.173	747	0.98	0.984	100	0.163
6.479-24.423	0.243	20	0.195	456	0.197	477	0.963	0.975	99.7904	0.195

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