PDB-9awi: Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awi

タイトル

Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.479 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 225 Kelvin with benzamidine
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awi.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awi.ent.gz	41.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9awi_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9awi_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9awi_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	9awi_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.004, 57.170, 66.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 225 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月6日
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.479→22.934 Å / Num. obs: 33953 / % possible obs: 96.58 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.798 / Net I/σ(I): 7.38
反射シェル	解像度: 1.5→22.93 Å / Num. unique obs: 1635 / CC_1/2: 0.798

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.479→22.934 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.125 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	1635	4.815 %
R_work	0.2043	32318	-
all	0.206	-	-
obs	-	33953	96.578 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.823 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.005 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.479→22.934 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	174	1813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.62	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.547	1.552	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.83	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.29	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.365	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.268	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.496	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.122	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.302	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.361	1.468	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.361	1.468	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.976	2.203	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.975	2.203	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.317	1.658	784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.315	1.658	785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.435	2.382	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.435	2.382	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.763	23.155	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.49	20.709	1797

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.479-1.517	0.435	86	0.399	1528	0.401	2557	0.703	0.745	63.1208	0.395
1.517-1.558	0.419	105	0.359	2304	0.362	2478	0.854	0.885	97.2155	0.354
1.558-1.603	0.334	122	0.319	2252	0.32	2421	0.917	0.922	98.0587	0.308
1.603-1.652	0.316	124	0.309	2204	0.309	2351	0.931	0.931	99.0217	0.292
1.652-1.706	0.3	134	0.275	2137	0.276	2284	0.94	0.946	99.4308	0.249
1.706-1.766	0.284	94	0.251	2109	0.252	2211	0.944	0.955	99.6382	0.22
1.766-1.832	0.249	103	0.223	2031	0.224	2146	0.955	0.966	99.4408	0.188
1.832-1.906	0.236	86	0.202	1989	0.203	2083	0.965	0.972	99.6159	0.17
1.906-1.991	0.234	91	0.197	1863	0.199	1962	0.967	0.974	99.5922	0.167
1.991-2.087	0.216	74	0.186	1809	0.187	1897	0.972	0.978	99.262	0.157
2.087-2.199	0.239	59	0.185	1754	0.186	1818	0.966	0.979	99.725	0.16
2.199-2.331	0.212	99	0.189	1602	0.191	1706	0.968	0.977	99.7069	0.165
2.331-2.49	0.224	81	0.18	1535	0.182	1620	0.967	0.98	99.7531	0.161
2.49-2.687	0.208	74	0.176	1440	0.178	1516	0.97	0.98	99.8681	0.158
2.687-2.939	0.179	57	0.174	1345	0.174	1405	0.979	0.981	99.7865	0.163
2.939-3.28	0.162	62	0.174	1204	0.174	1271	0.983	0.981	99.6066	0.168
3.28-3.774	0.223	64	0.164	1078	0.167	1149	0.969	0.983	99.3908	0.163
3.774-4.591	0.161	54	0.153	915	0.154	977	0.985	0.985	99.1812	0.161
4.591-6.367	0.165	34	0.196	754	0.195	792	0.982	0.982	99.4949	0.21
6.367-22.934	0.333	32	0.222	465	0.228	497	0.952	0.969	100	0.248

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