PDB-9awh: Crystal structure of trypsin at 200 Kelvin with benzamidine (trip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awh

タイトル

Crystal structure of trypsin at 200 Kelvin with benzamidine (triplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 200 Kelvin with benzamidine (triplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awh.cif.gz	63.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awh.ent.gz	42.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9awh_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9awh_full_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示
XML形式データ	9awh_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	9awh_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.157, 58.568, 67.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→23.088 Å / Num. obs: 34816 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.801 / Net I/σ(I): 13.65
反射シェル	解像度: 1.5→23.07 Å / Num. unique obs: 1714 / CC_1/2: 0.801

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.497→23.088 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.185 / WR_factor R_work: 0.168 / SU B: 1.272 / SU ML: 0.047 / Average fsc free: 0.97 / Average fsc work: 0.9768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	1714	4.923 %
R_work	0.1793	33102	-
all	0.18	-	-
obs	-	34816	99.335 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.978 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.065 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.077 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.141 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→23.088 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	224	1863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.803	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.656	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.958	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.534	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.367	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.342	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.856	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.327	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.323	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.301	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.164	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.18	1.014	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.176	1.014	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.771	1.826	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.77	1.826	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.415	1.207	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.414	1.206	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.557	2.1	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.557	2.1	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.09	13.924	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.646	12.115	1842

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.497-1.536	0.306	129	0.297	2290	0.298	2555	0.942	0.943	94.6771	0.255
1.536-1.578	0.285	128	0.254	2308	0.255	2470	0.948	0.959	98.6235	0.218
1.578-1.623	0.228	105	0.224	2293	0.224	2414	0.966	0.969	99.3372	0.189
1.623-1.673	0.231	126	0.182	2209	0.185	2341	0.965	0.979	99.7437	0.154
1.673-1.728	0.215	128	0.174	2139	0.177	2270	0.972	0.98	99.8678	0.15
1.728-1.788	0.211	113	0.167	2090	0.169	2203	0.974	0.983	100	0.141
1.788-1.855	0.205	112	0.176	2041	0.178	2154	0.973	0.982	99.9536	0.149
1.855-1.93	0.204	107	0.164	1929	0.166	2039	0.973	0.983	99.8529	0.142
1.93-2.015	0.188	99	0.157	1872	0.158	1971	0.979	0.985	100	0.139
2.015-2.113	0.168	91	0.165	1798	0.165	1892	0.982	0.984	99.8414	0.15
2.113-2.226	0.188	72	0.171	1736	0.172	1808	0.981	0.982	100	0.155
2.226-2.36	0.195	83	0.175	1624	0.176	1708	0.974	0.981	99.9415	0.159
2.36-2.521	0.183	72	0.168	1536	0.168	1608	0.981	0.982	100	0.156
2.521-2.72	0.202	75	0.166	1435	0.168	1512	0.974	0.983	99.8677	0.156
2.72-2.976	0.214	48	0.18	1362	0.182	1410	0.967	0.979	100	0.176
2.976-3.32	0.193	53	0.174	1226	0.175	1279	0.975	0.982	100	0.173
3.32-3.821	0.188	55	0.166	1073	0.167	1129	0.976	0.983	99.9114	0.17
3.821-4.648	0.139	65	0.142	910	0.142	975	0.988	0.988	100	0.156
4.648-6.444	0.252	27	0.211	761	0.213	788	0.972	0.98	100	0.228
6.444-23.088	0.186	26	0.22	470	0.218	497	0.982	0.971	99.7988	0.246

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