PDB-9awf: Crystal structure of trypsin at 200 Kelvin with benzamidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awf

タイトル

Crystal structure of trypsin at 200 Kelvin with benzamidine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.498 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 200 Kelvin with benzamidine
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awf.cif.gz	65.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awf.ent.gz	42.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.161, 58.579, 67.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月5日
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.498→23.09 Å / Num. obs: 34792 / % possible obs: 99.45 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.838 / Net I/σ(I): 15.73
反射シェル	解像度: 1.5→23.09 Å / Num. unique obs: 1771 / CC_1/2: 0.838

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.498→23.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.129 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1852	1771	5.09 %
R_work	0.1562	33021	-
all	0.158	-	-
obs	-	34792	99.448 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.887 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.498→23.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	16	263	1908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.011	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	1.62	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.619	1.552	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.073	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.998	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.105	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.656	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	840
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.117	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.307	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.166	1.026	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.163	1.026	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.715	1.543	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.715	1.544	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.726	1.237	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.725	1.24	790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.91	1.75	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.908	1.753	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.204	19.169	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.974	15.811	1841

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.498-1.537	0.298	120	0.285	2314	0.285	2540	0.947	0.949	95.8268	0.244
1.537-1.579	0.282	111	0.245	2328	0.247	2470	0.95	0.962	98.7449	0.207
1.579-1.625	0.234	136	0.207	2272	0.209	2424	0.965	0.974	99.3399	0.172
1.625-1.674	0.206	119	0.175	2206	0.177	2331	0.975	0.981	99.7426	0.145
1.674-1.729	0.199	105	0.16	2154	0.162	2261	0.978	0.984	99.9115	0.134
1.729-1.789	0.192	101	0.154	2101	0.156	2202	0.976	0.985	100	0.127
1.789-1.856	0.153	112	0.143	2022	0.143	2134	0.984	0.988	100	0.119
1.856-1.932	0.158	107	0.14	1946	0.141	2055	0.985	0.988	99.9027	0.121
1.932-2.017	0.198	96	0.138	1865	0.14	1961	0.977	0.988	100	0.123
2.017-2.114	0.173	95	0.141	1797	0.143	1894	0.982	0.988	99.8944	0.127
2.114-2.228	0.19	77	0.142	1724	0.144	1801	0.978	0.988	100	0.13
2.228-2.362	0.175	123	0.133	1587	0.136	1711	0.982	0.989	99.9416	0.121
2.362-2.523	0.166	79	0.137	1518	0.138	1597	0.984	0.989	100	0.127
2.523-2.722	0.217	72	0.144	1436	0.147	1509	0.976	0.987	99.9337	0.136
2.722-2.978	0.168	79	0.152	1331	0.153	1410	0.981	0.986	100	0.148
2.978-3.322	0.132	65	0.139	1212	0.138	1277	0.991	0.988	100	0.138
3.322-3.823	0.19	59	0.144	1069	0.146	1129	0.979	0.988	99.9114	0.146
3.823-4.651	0.143	61	0.136	913	0.137	974	0.989	0.989	100	0.146
4.651-6.448	0.211	29	0.178	755	0.179	785	0.981	0.985	99.8726	0.191
6.448-23.09	0.236	25	0.2	471	0.202	497	0.974	0.976	99.7988	0.231

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関連情報:EMDBヘッダ

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