PDB-9awc: Crystal structure of trypsin at 175 Kelvin with benzamidine (dupl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awc

タイトル

Crystal structure of trypsin at 175 Kelvin with benzamidine (duplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.487 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 175 Kelvin with benzamidine (duplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awc.cif.gz	66.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awc.ent.gz	43.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9awc_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9awc_full_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示
XML形式データ	9awc_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	9awc_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.429, 58.291, 66.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE 分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 175 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.487→25.532 Å / Num. obs: 34522 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.764 / Net I/σ(I): 11.43
反射シェル	解像度: 1.5→25.53 Å / Num. unique obs: 1701 / CC_1/2: 0.764

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.487→25.532 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / WR_factor R_free: 0.198 / WR_factor R_work: 0.173 / SU B: 1.776 / SU ML: 0.063 / Average fsc free: 0.9576 / Average fsc work: 0.9652 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2246	1701	4.927 %
R_work	0.197	32821	-
all	0.198	-	-
obs	-	34522	97.316 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.269 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.324 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.055 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.379 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.487→25.532 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	323	1962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.61	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.187	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.59	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.265	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.439	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.391	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	911
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.319	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.179	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.232	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.263	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.529	1.34	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.522	1.339	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.288	2.409	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.287	2.409	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.291	1.501	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.29	1.501	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.455	2.65	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.454	2.65	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.693	17.784	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.283	14.492	1896

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.487-1.526	0.348	101	0.356	1829	0.356	2582	0.896	0.911	74.7483	0.335
1.526-1.567	0.355	133	0.349	2332	0.349	2493	0.935	0.923	98.8769	0.319
1.567-1.613	0.28	104	0.338	2320	0.335	2444	0.949	0.939	99.1817	0.294
1.613-1.662	0.381	127	0.317	2248	0.32	2385	0.932	0.949	99.5807	0.27
1.662-1.716	0.293	128	0.272	2170	0.273	2306	0.955	0.96	99.6531	0.227
1.716-1.776	0.252	114	0.22	2109	0.222	2230	0.964	0.972	99.6861	0.179
1.776-1.843	0.256	113	0.185	2031	0.188	2146	0.961	0.978	99.9068	0.153
1.843-1.918	0.224	118	0.194	1950	0.196	2087	0.966	0.975	99.0896	0.169
1.918-2.003	0.227	93	0.197	1887	0.199	2007	0.973	0.976	98.6547	0.175
2.003-2.1	0.224	84	0.228	1776	0.227	1923	0.965	0.97	96.7239	0.198
2.1-2.212	0.18	79	0.175	1743	0.175	1830	0.981	0.984	99.5628	0.159
2.212-2.346	0.194	78	0.193	1595	0.193	1726	0.967	0.977	96.9293	0.167
2.346-2.506	0.204	79	0.148	1551	0.151	1630	0.973	0.986	100	0.136
2.506-2.705	0.232	74	0.158	1436	0.161	1520	0.969	0.983	99.3421	0.144
2.705-2.959	0.202	50	0.169	1373	0.17	1425	0.971	0.981	99.8596	0.159
2.959-3.303	0.178	53	0.154	1242	0.155	1295	0.979	0.984	100	0.15
3.303-3.804	0.207	54	0.165	1077	0.167	1143	0.968	0.982	98.9501	0.158
3.804-4.633	0.155	66	0.146	920	0.147	991	0.988	0.989	99.4955	0.151
4.633-6.447	0.267	27	0.195	766	0.197	793	0.966	0.988	100	0.202
6.447-25.532	0.223	26	0.231	466	0.231	495	0.975	0.97	99.3939	0.247

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