PDB-9awb: Crystal structure of trypsin at 175 Kelvin with benzamidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awb

タイトル

Crystal structure of trypsin at 175 Kelvin with benzamidine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.495 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 175 Kelvin with benzamidine
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awb.cif.gz	66.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awb.ent.gz	43.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.441, 58.303, 66.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 175 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月4日
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.495→23.15 Å / Num. obs: 34642 / % possible obs: 98.78 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.798 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.5→23.15 Å / Num. unique obs: 1752 / CC_1/2: 0.798

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.495→23.146 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.5 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	1752	5.057 %
R_work	0.1836	32890	-
all	0.185	-	-
obs	-	34642	98.78 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.171 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.495→23.146 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	16	300	1945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.626	1.62	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.553	1.552	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.156	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.404	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.241	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.531	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.846	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.117	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.278	1.241	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.272	1.241	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.857	1.864	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.856	1.864	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.066	1.387	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.065	1.389	790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.943	1.992	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.942	1.995	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.837	22.691	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.48	18.563	1877

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.495-1.533	0.377	111	0.325	2180	0.327	2561	0.933	0.939	89.4572	0.292
1.533-1.575	0.298	143	0.29	2313	0.29	2476	0.947	0.952	99.1922	0.25
1.575-1.621	0.333	124	0.27	2284	0.273	2420	0.946	0.958	99.5041	0.226
1.621-1.67	0.284	99	0.257	2228	0.259	2345	0.949	0.961	99.2324	0.207
1.67-1.725	0.265	119	0.23	2131	0.232	2267	0.962	0.968	99.2501	0.186
1.725-1.785	0.264	86	0.205	2086	0.208	2191	0.963	0.975	99.1328	0.17
1.785-1.852	0.24	109	0.19	2038	0.193	2158	0.971	0.978	99.4903	0.157
1.852-1.927	0.228	108	0.187	1934	0.189	2051	0.973	0.98	99.5612	0.164
1.927-2.012	0.21	107	0.186	1870	0.188	1985	0.975	0.981	99.597	0.171
2.012-2.11	0.229	98	0.179	1780	0.181	1883	0.973	0.983	99.7345	0.166
2.11-2.223	0.201	86	0.167	1705	0.169	1800	0.977	0.985	99.5	0.158
2.223-2.356	0.191	88	0.155	1626	0.157	1717	0.976	0.985	99.8253	0.146
2.356-2.517	0.201	95	0.155	1512	0.157	1610	0.974	0.985	99.8137	0.147
2.517-2.716	0.207	79	0.157	1430	0.16	1512	0.974	0.985	99.8016	0.152
2.716-2.971	0.189	66	0.167	1339	0.168	1407	0.978	0.983	99.8579	0.166
2.971-3.315	0.236	46	0.169	1232	0.171	1280	0.969	0.982	99.8438	0.173
3.315-3.815	0.204	48	0.173	1078	0.175	1127	0.974	0.981	99.9113	0.18
3.815-4.641	0.157	63	0.143	918	0.144	982	0.987	0.989	99.8982	0.153
4.641-6.435	0.214	59	0.17	727	0.173	786	0.982	0.988	100	0.184
6.435-23.146	0.188	18	0.188	480	0.188	498	0.977	0.974	100	0.218

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