PDB-9awa: Crystal structure of trypsin at 150 Kelvin with benzamidine (trip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9awa

タイトル

Crystal structure of trypsin at 150 Kelvin with benzamidine (triplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 150 Kelvin with benzamidine (triplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9awa.cif.gz	64.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9awa.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9awa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9awa_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9awa_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	9awa_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	9awa_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.651, 57.142, 64.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→24.961 Å / Num. obs: 32520 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.718 / Net I/σ(I): 17.53
反射シェル	解像度: 1.5→24.95 Å / Num. unique obs: 1664 / CC_1/2: 0.718

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.497→24.961 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.213 / WR_factor R_work: 0.18 / SU B: 1.659 / SU ML: 0.062 / Average fsc free: 0.9598 / Average fsc work: 0.9682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2377	1664	5.117 %
R_work	0.2018	30856	-
all	0.204	-	-
obs	-	32520	99.292 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.644 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.243 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.718 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.475 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→24.961 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	272	1911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.792	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.645	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.293	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.767	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.114	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.01	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.225	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	919
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.295	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.147	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.36	1.254	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.358	1.254	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.954	2.259	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.954	2.26	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.11	1.4	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.108	1.399	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.137	2.476	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.137	2.476	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.482	17.252	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.049	14.198	1876

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.497-1.536	0.29	106	0.283	2176	0.283	2360	0.932	0.939	96.6949	0.255
1.536-1.578	0.251	117	0.257	2202	0.256	2335	0.953	0.949	99.3148	0.229
1.578-1.624	0.266	110	0.237	2118	0.239	2242	0.954	0.961	99.3756	0.205
1.624-1.673	0.29	102	0.232	2080	0.235	2189	0.947	0.963	99.6802	0.2
1.673-1.728	0.237	109	0.215	2031	0.216	2145	0.968	0.969	99.7669	0.18
1.728-1.788	0.266	101	0.21	1952	0.213	2060	0.96	0.972	99.6602	0.176
1.788-1.855	0.235	95	0.207	1871	0.209	1973	0.964	0.972	99.6452	0.172
1.855-1.931	0.263	91	0.205	1830	0.208	1931	0.95	0.972	99.4821	0.173
1.931-2.016	0.293	89	0.224	1752	0.227	1845	0.95	0.969	99.7832	0.19
2.016-2.114	0.201	82	0.213	1678	0.213	1773	0.973	0.973	99.2668	0.182
2.114-2.227	0.251	86	0.218	1595	0.219	1694	0.958	0.971	99.2326	0.188
2.227-2.361	0.253	86	0.197	1493	0.2	1589	0.962	0.975	99.3707	0.168
2.361-2.522	0.241	87	0.193	1412	0.195	1506	0.963	0.977	99.5352	0.171
2.522-2.722	0.195	71	0.199	1348	0.199	1423	0.974	0.976	99.7189	0.18
2.722-2.979	0.243	69	0.203	1236	0.205	1309	0.964	0.973	99.6944	0.184
2.979-3.324	0.228	75	0.182	1104	0.185	1181	0.969	0.979	99.8307	0.172
3.324-3.827	0.213	66	0.175	1011	0.177	1079	0.972	0.983	99.8146	0.169
3.827-4.66	0.223	50	0.152	854	0.155	907	0.972	0.986	99.6692	0.156
4.66-6.478	0.213	45	0.182	686	0.184	732	0.987	0.985	99.8634	0.189
6.478-24.961	0.23	27	0.198	427	0.2	460	0.967	0.975	98.6957	0.219

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