PDB-9aw8: Crystal structure of trypsin at 150 Kelvin with benzamidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9aw8

タイトル

Crystal structure of trypsin at 150 Kelvin with benzamidine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.496 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 150 Kelvin with benzamidine
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9aw8.cif.gz	66.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9aw8.ent.gz	44.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9aw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9aw8_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9aw8_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9aw8_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	9aw8_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9aw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9aw8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.658, 57.150, 64.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月3日
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.496→22.751 Å / Num. obs: 32548 / % possible obs: 99.16 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.877 / Net I/σ(I): 15.54
反射シェル	解像度: 1.5→22.75 Å / Num. unique obs: 1590 / CC_1/2: 0.877

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.496→22.751 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 1.626 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2136	1590	4.885 %
R_work	0.1766	30958	-
all	0.178	-	-
obs	-	32548	99.162 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.505 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.009 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.496→22.751 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	25	313	1967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.62	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.568	1.553	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.319	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.413	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.491	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.925	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.762	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.148	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.411	1.268	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.411	1.267	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.146	1.904	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.146	1.905	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.192	1.442	798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.192	1.445	799
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.162	2.066	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.161	2.068	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.018	26.66	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.017	26.669	2047

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.496-1.535	0.273	108	0.289	2155	0.288	2370	0.932	0.938	95.4852	0.255
1.535-1.577	0.324	116	0.255	2208	0.258	2338	0.923	0.95	99.4012	0.224
1.577-1.622	0.248	111	0.227	2121	0.228	2248	0.962	0.964	99.2883	0.193
1.622-1.672	0.268	91	0.227	2084	0.229	2181	0.951	0.965	99.7249	0.193
1.672-1.726	0.282	83	0.215	2059	0.217	2147	0.948	0.969	99.7671	0.179
1.726-1.787	0.235	91	0.193	1965	0.194	2067	0.962	0.976	99.4678	0.159
1.787-1.854	0.222	91	0.186	1892	0.187	1989	0.97	0.977	99.6983	0.152
1.854-1.929	0.248	111	0.207	1799	0.21	1923	0.938	0.971	99.324	0.173
1.929-2.014	0.248	102	0.197	1735	0.2	1843	0.959	0.976	99.6744	0.166
2.014-2.111	0.213	103	0.181	1655	0.183	1774	0.975	0.98	99.0981	0.152
2.111-2.224	0.236	87	0.166	1602	0.169	1699	0.968	0.984	99.4114	0.142
2.224-2.358	0.178	56	0.163	1522	0.163	1587	0.979	0.984	99.4329	0.141
2.358-2.519	0.27	87	0.166	1426	0.172	1522	0.96	0.983	99.4087	0.146
2.519-2.718	0.191	61	0.163	1360	0.164	1425	0.979	0.984	99.7193	0.144
2.718-2.973	0.185	65	0.152	1232	0.153	1303	0.981	0.986	99.5395	0.138
2.973-3.317	0.182	64	0.153	1127	0.154	1196	0.981	0.986	99.5819	0.143
3.317-3.817	0.16	53	0.154	1023	0.154	1079	0.985	0.986	99.722	0.148
3.817-4.642	0.161	42	0.126	866	0.127	911	0.987	0.991	99.6707	0.132
4.642-6.432	0.157	39	0.152	696	0.153	736	0.986	0.988	99.8641	0.159
6.432-22.751	0.237	29	0.171	431	0.175	466	0.957	0.981	98.7124	0.187

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