PDB-9aw0: Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine (quad...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9aw0

タイトル

Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine (quadruplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.498 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine (quadruplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9aw0.cif.gz	66.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9aw0.ent.gz	43.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9aw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9aw0_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9aw0_full_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示
XML形式データ	9aw0_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	9aw0_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9aw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9aw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.318, 58.166, 66.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.498→24.621 Å / Num. obs: 34364 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.874 / Net I/σ(I): 20.28
反射シェル	解像度: 1.5→24.61 Å / Num. unique obs: 1710 / CC_1/2: 0.874

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.498→24.621 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.175 / WR_factor R_work: 0.152 / SU B: 1.001 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9796 / Average fsc work: 0.9848 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1811	1710	4.976 %
R_work	0.1567	32653	-
all	0.158	-	-
obs	-	34363	99.375 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.046 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.173 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.214 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.041 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.498→24.621 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	334	1973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.622	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.136	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.004	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.544	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.768	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.267	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.272	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.022	0.841	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.011	0.84	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.539	1.511	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.539	1.511	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.91	0.976	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.909	0.976	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.811	1.699	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.811	1.699	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.049	13.964	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.141	10.134	1877

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.498-1.537	0.202	110	0.188	2271	0.188	2512	0.976	0.979	94.785	0.152
1.537-1.578	0.193	104	0.175	2325	0.176	2466	0.977	0.981	98.4996	0.145
1.578-1.624	0.206	104	0.16	2267	0.162	2385	0.976	0.984	99.413	0.132
1.624-1.674	0.192	104	0.143	2180	0.145	2285	0.983	0.987	99.9562	0.121
1.674-1.728	0.196	112	0.139	2151	0.141	2264	0.977	0.988	99.9558	0.12
1.728-1.789	0.168	117	0.139	2064	0.141	2181	0.982	0.988	100	0.123
1.789-1.856	0.189	119	0.154	1965	0.156	2084	0.978	0.986	100	0.134
1.856-1.931	0.184	111	0.158	1921	0.159	2033	0.98	0.985	99.9508	0.143
1.931-2.017	0.198	101	0.163	1854	0.165	1955	0.976	0.984	100	0.152
2.017-2.114	0.157	102	0.154	1752	0.154	1855	0.986	0.986	99.9461	0.144
2.114-2.228	0.189	74	0.153	1704	0.155	1778	0.98	0.986	100	0.143
2.228-2.362	0.168	81	0.145	1621	0.146	1702	0.983	0.987	100	0.136
2.362-2.523	0.191	93	0.156	1499	0.158	1596	0.976	0.984	99.7494	0.148
2.523-2.723	0.17	79	0.149	1406	0.15	1487	0.982	0.986	99.8655	0.146
2.723-2.979	0.159	67	0.168	1314	0.167	1381	0.983	0.982	100	0.166
2.979-3.325	0.169	54	0.163	1204	0.163	1259	0.981	0.983	99.9206	0.167
3.325-3.827	0.234	60	0.161	1065	0.165	1126	0.968	0.984	99.9112	0.166
3.827-4.659	0.137	55	0.131	903	0.132	960	0.991	0.99	99.7917	0.148
4.659-6.475	0.186	43	0.171	730	0.172	775	0.982	0.988	99.7419	0.19
6.475-24.621	0.208	20	0.206	457	0.206	482	0.981	0.974	98.9627	0.231

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