PDB-9avz: Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine (trip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9avz

タイトル

Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine (triplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.499 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine (triplicate)
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9avz.cif.gz	64.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9avz.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9avz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9avz_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9avz_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	9avz_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	9avz_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9avz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9avz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.095, 58.074, 66.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.499→24.531 Å / Num. obs: 31751 / % possible obs: 92.47 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.7452 / Net I/σ(I): 16.57
反射シェル	解像度: 1.5→24.42 Å / Num. unique obs: 1582 / CC_1/2: 0.7452

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.499→24.531 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / WR_factor R_free: 0.197 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 1.815 / SU ML: 0.065 / Average fsc free: 0.9487 / Average fsc work: 0.9548 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	1582	4.983 %
R_work	0.2058	30169	-
all	0.207	-	-
obs	-	31751	92.485 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.867 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.231 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.178 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.053 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.499→24.531 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	268	1907

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.601	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.101	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.029	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.659	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.562	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.385	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.3	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.155	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.269	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.882	0.735	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.881	0.734	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.441	1.317	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.44	1.318	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.413	0.837	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.412	0.837	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.245	1.461	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.245	1.461	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.052	11.458	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.488	9.138	1883

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.499-1.538	0.369	79	0.364	1812	0.364	2468	0.89	0.886	76.6207	0.309
1.538-1.58	0.39	94	0.393	1944	0.393	2451	0.836	0.838	83.1497	0.335
1.58-1.625	0.337	84	0.333	1864	0.333	2353	0.878	0.884	82.7879	0.275
1.625-1.675	0.302	82	0.256	1746	0.258	2291	0.94	0.941	79.7905	0.208
1.675-1.73	0.269	93	0.227	1735	0.229	2234	0.917	0.953	81.8263	0.184
1.73-1.79	0.226	103	0.188	1832	0.19	2167	0.955	0.974	89.294	0.156
1.79-1.857	0.221	115	0.179	1926	0.182	2087	0.969	0.978	97.7959	0.151
1.857-1.933	0.178	106	0.165	1909	0.166	2023	0.98	0.982	99.6045	0.141
1.933-2.018	0.21	106	0.174	1825	0.176	1934	0.972	0.981	99.8449	0.155
2.018-2.116	0.205	96	0.166	1747	0.168	1846	0.975	0.983	99.8375	0.148
2.116-2.229	0.222	77	0.183	1695	0.184	1772	0.97	0.979	100	0.161
2.229-2.363	0.219	81	0.185	1606	0.187	1688	0.969	0.978	99.9408	0.163
2.363-2.525	0.223	90	0.193	1501	0.195	1591	0.966	0.976	100	0.171
2.525-2.725	0.22	77	0.19	1394	0.192	1472	0.967	0.976	99.9321	0.171
2.725-2.981	0.223	68	0.197	1295	0.199	1363	0.967	0.975	100	0.18
2.981-3.327	0.227	54	0.194	1192	0.195	1250	0.965	0.977	99.68	0.18
3.327-3.83	0.228	60	0.173	1063	0.175	1124	0.969	0.982	99.911	0.161
3.83-4.662	0.164	54	0.134	898	0.136	954	0.987	0.99	99.7904	0.134
4.662-6.477	0.222	43	0.17	728	0.173	771	0.978	0.985	100	0.167
6.477-24.531	0.223	20	0.215	457	0.215	479	0.971	0.971	99.5825	0.213

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