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- PDB-9avm: Crystal Structure of CARD9 coiled-coil K156-K214 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9avm
タイトルCrystal Structure of CARD9 coiled-coil K156-K214
要素Caspase recruitment domain-containing protein 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Adapter protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-2 production / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / response to peptidoglycan / antifungal innate immune response / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of T-helper 17 type immune response / neutrophil mediated immunity / positive regulation of innate immune response ...regulation of interleukin-2 production / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / response to peptidoglycan / antifungal innate immune response / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of T-helper 17 type immune response / neutrophil mediated immunity / positive regulation of innate immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of macrophage cytokine production / response to aldosterone / positive regulation of interleukin-17 production / response to exogenous dsRNA / response to muramyl dipeptide / immunoglobulin mediated immune response / regulation of immune response / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of apoptotic process / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD9, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase recruitment domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Lemke, C.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Human genetics guides the discovery of novel CARD9 inhibitors with anti-inflammatory activity in vitro as well as in vivo
著者: Raymond, D.D.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase recruitment domain-containing protein 9
B: Caspase recruitment domain-containing protein 9
C: Caspase recruitment domain-containing protein 9
D: Caspase recruitment domain-containing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5564
ポリマ－28,5564
非ポリマー00
水1,910106
1
A: Caspase recruitment domain-containing protein 9
B: Caspase recruitment domain-containing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2782
ポリマ－14,2782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8350 Å2
手法PISA
2
C: Caspase recruitment domain-containing protein 9
D: Caspase recruitment domain-containing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2782
ポリマ－14,2782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.330, 48.830, 55.630
Angle α, β, γ (deg.)71.41, 79.27, 77.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Caspase recruitment domain-containing protein 9 / hCARD9


分子量: 7139.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARD9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H257
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8-14% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→26.43 Å / Num. obs: 23908 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.03 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 9.72
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.79-1.90.5238780.7010.7121
1.9-2.030.3436000.7940.4671
2.03-2.190.15833360.9440.2171
2.19-2.390.10230130.9710.141
2.39-2.670.06128850.9890.0831
2.67-3.080.04525130.9930.0611
3.08-3.760.03520860.9940.0481
3.76-5.270.03216540.9960.0431
5.27-26.40.039430.9970.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→26.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2923 1196 5 %RANDOM
Rwork0.2418 ---
obs0.2443 23908 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.313 Å2-1.4392 Å20.6101 Å2
2--2.1284 Å28.1484 Å2
3----2.4414 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→26.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 0 106 1971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081871HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.822473HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d783SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes334HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1871HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion223SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1612SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.8 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 -5.01 %
Rwork0.2678 455 -
all0.2665 479 -
obs--92.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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