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- PDB-9avk: Structure of long Rib domain from Limosilactobacillus reuteri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9avk
タイトルStructure of long Rib domain from Limosilactobacillus reuteri
要素YSIRK signal domain/LPXTG anchor domain surface protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cell surface protein / bacterial adhesin / rib domain / ig-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Putative pectate lyase-like adhesive domain / Putative pectate lyase-like adhesive domain / Long Rib domain / Long Rib domain / Rib/alpha/Esp surface antigen / Rib domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Putative pectate lyase-like adhesive domain / Putative pectate lyase-like adhesive domain / Long Rib domain / Long Rib domain / Rib/alpha/Esp surface antigen / Rib domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / YSIRK signal domain/LPXTG anchor domain surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Limosilactobacillus reuteri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Xue, Y. / Kang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22074070 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the long Rib domain of the LPXTG-anchored surface protein from Limosilactobacillus reuteri.
著者: Xue, Y. / Wu, Z. / Kang, X.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YSIRK signal domain/LPXTG anchor domain surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0433
ポリマ－10,9621
非ポリマー812
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6160 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.161, 36.161, 126.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1002-

SCN

21A-1002-

SCN

31A-1002-

SCN

41A-1101-

HOH

51A-1151-

HOH

61A-1193-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 YSIRK signal domain/LPXTG anchor domain surface protein


分子量: 10961.841 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 888-990 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Limosilactobacillus reuteri (バクテリア)
遺伝子: DB325_02015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T5Q5G6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M Na Malonate pH 7, 0.2 M NaSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→23.8 Å / Num. obs: 14807 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.46→1.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.343 / Num. unique obs: 2036

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
SADABSデータスケーリング
SAINTデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→23.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.941 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18257 734 5 %RANDOM
Rwork0.15388 ---
obs0.15536 14016 95.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.46→23.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数743 0 4 183 930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.011834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.016720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.6931160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5631.5531701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8455114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.63752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15410114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2940.857439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.230.856438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0921.275558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0911.279559
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7110.995395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6230.996395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4521.417602
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.18827.7991058
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.51919.704957
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.497 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 45 -
Rwork0.298 563 -
obs--54.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5655-0.07950.16080.3078-0.00880.18770-0.0197-0.0084-0.0070.0012-0.0212-0.0003-0.002-0.00120.00090.0009-0.00090.0265-0.00220.004716.1603-6.974210.9797
20.9779-0.32560.35140.361-0.12570.38020.0049-0.03270.0133-0.0254-0.0096-0.00360.0133-0.01490.00480.0118-0.00810.00380.0183-0.00910.005713.7883-5.98319.4586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A887 - 987
2X-RAY DIFFRACTION1A1001
3X-RAY DIFFRACTION2A1101 - 1283
4X-RAY DIFFRACTION2A1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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