PDB-9avh: Crystal structure of an aryl-alcohol-oxidase from Bjerkandera adusta.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9avh

タイトル

Crystal structure of an aryl-alcohol-oxidase from Bjerkandera adusta.

要素

Aryl Alcohol Oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AAO / BJERKANDERA ADUSTA / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

4-METHOXYBENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Bjerkandera adusta (ヤケイロタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Martinez-Julvez, M. / Ferreira, P.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2024
タイトル: Unveiling the kinetic versatility of aryl-alcohol oxidases with different electron acceptors.
著者: Serrano, A. / Cinca-Fernando, P. / Carro, J. / Velazquez-Campoy, A. / Martinez-Julvez, M. / Martinez, A.T. / Ferreira, P.

履歴

登録	2024年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9avh.cif.gz	141.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9avh.ent.gz	103 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9avh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9avh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9avh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aryl Alcohol Oxidase

ヘテロ分子

64.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.035, 82.746, 116.837
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Aryl Alcohol Oxidase 分子量: 62808.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bjerkandera adusta (ヤケイロタケ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: aryl-alcohol oxidase

-
非ポリマー , 5種, 379分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ANN / 4-METHOXYBENZOIC ACID / P-ANISIC ACID / 4-メトキシ安息香酸分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12% v/v glycerol, 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 mM Tris/HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→116.84 Å / Num. obs: 50514 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 7207 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→67.526 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.532 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1883	2464	4.883 %
R_work	0.1434	47994	-
all	0.146	-	-
obs	-	50458	98.699 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.479 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.296 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.286 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.582 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→67.526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4407	0	124	366	4897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4640
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.665	1.803	6345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.569	1.739	9850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.641	5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.812	5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.037	20	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.679	10	693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.553	10	195
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.781	2.186	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.78	2.186	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.463	3.92	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.464	3.92	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.039	2.562	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.995	2.519	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.562	4.54	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.486	4.462	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.418	23.324	5246
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.321	22.924	5167

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.24	172	0.22	3451	0.221	3699	0.957	0.961	97.9454	0.196
1.847-1.897	0.26	177	0.201	3397	0.204	3648	0.951	0.969	97.9715	0.177
1.897-1.952	0.209	183	0.188	3270	0.189	3525	0.97	0.974	97.9574	0.161
1.952-2.012	0.211	171	0.162	3221	0.164	3458	0.972	0.982	98.0914	0.139
2.012-2.078	0.19	174	0.155	3126	0.157	3354	0.979	0.983	98.39	0.133
2.078-2.151	0.191	154	0.143	2985	0.146	3179	0.977	0.986	98.7417	0.124
2.151-2.232	0.186	162	0.137	2932	0.14	3152	0.977	0.988	98.1599	0.12
2.232-2.323	0.167	150	0.131	2817	0.133	3004	0.981	0.989	98.7683	0.115
2.323-2.426	0.198	128	0.132	2727	0.135	2890	0.977	0.989	98.7889	0.115
2.426-2.545	0.174	148	0.131	2589	0.133	2762	0.981	0.99	99.0949	0.115
2.545-2.682	0.189	129	0.13	2472	0.133	2629	0.98	0.99	98.935	0.115
2.682-2.845	0.19	126	0.137	2369	0.14	2511	0.979	0.988	99.3628	0.123
2.845-3.041	0.19	92	0.135	2239	0.137	2346	0.978	0.988	99.3606	0.123
3.041-3.284	0.166	93	0.133	2116	0.135	2223	0.983	0.989	99.3702	0.126
3.284-3.596	0.181	91	0.136	1930	0.138	2035	0.981	0.989	99.312	0.13
3.596-4.019	0.163	77	0.13	1765	0.132	1850	0.985	0.99	99.5676	0.129
4.019-4.638	0.183	93	0.119	1554	0.122	1654	0.982	0.992	99.5768	0.121
4.638-5.674	0.18	59	0.14	1347	0.142	1413	0.981	0.99	99.5046	0.141
5.674-7.996	0.208	52	0.18	1059	0.181	1120	0.977	0.985	99.1964	0.177
7.996-67.526	0.198	33	0.17	629	0.172	672	0.98	0.981	98.5119	0.172

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