PDB-9avf: CCHFV GP38-GnH-DS heterodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9avf

タイトル

CCHFV GP38-GnH-DS heterodimer

要素

GP38
Glycoprotein N

キーワード

VIRAL PROTEIN / Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus / CCHFV / GP38 / Gn / glycoprotein / GP38-Gn / ancestral heterodimer / GPC / fusion loops / accompanying protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

McFadden, E. / Ramamohan, A.R. / McLellan, J.S.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI152246	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U19AI142777	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Engineering and structures of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus glycoprotein complexes.
著者: Elizabeth McFadden / Stephanie R Monticelli / Albert Wang / Ajit R Ramamohan / Thomas G Batchelor / Ana I Kuehne / Russell R Bakken / Alexandra L Tse / Kartik Chandran / Andrew S Herbert / Jason S McLellan /

要旨: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a tickborne virus that can cause severe disease in humans with case fatality rates of 10%-40%. Although structures of CCHFV glycoproteins GP38 and Gc ...

履歴

登録	2024年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9avf.cif.gz	296.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9avf.ent.gz	199.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9avf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9avf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9avf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44347C 9b8jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GP38

B: Glycoprotein N

C: GP38

D: Glycoprotein N

ヘテロ分子

74.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GP38

B: Glycoprotein N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SDS-PAGE
37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GP38

D: Glycoprotein N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.809, 87.010, 128.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

GP38

分子量: 30143.688 Da / 分子数: 2 / 変異: Q496C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: IbAr10200 / 遺伝子: GP / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JSZ3

#2: タンパク質

Glycoprotein N / Gn / 37 kDa protein / Glycoprotein G2

分子量: 6525.347 Da / 分子数: 2 / 変異: V562C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: IbAr10200 / 遺伝子: GP / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JSZ3

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 糖

ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 8% (v/v) TacsimateTM pH 8.0, 20% (v/v) PEG 3,350 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→51.75 Å / Num. obs: 25418 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 51.34 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2446 / CC_1/2: 0.546 / R_sym value: 0.929

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5127	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→51.75 Å / SU ML: 0.3027 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.6368
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2374	1274	5.02 %
R_work	0.1965	24126	-
obs	0.1987	25400	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4487	0	98	105	4690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0041	4660
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8363	6273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0549	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5197	1708

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.6	0.387	112	0.323	2598	X-RAY DIFFRACTION	97.66
2.6-2.72	0.3411	143	0.2625	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.72-2.86	0.31	126	0.2416	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.04	0.2963	142	0.2468	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.28	0.2593	147	0.2326	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.61	0.2426	159	0.1933	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-4.13	0.25	137	0.176	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-5.2	0.1814	153	0.1471	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.2-51.75	0.2043	155	0.188	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.21283334832	-0.667518570362	0.600942831722	5.41729168375	-0.896374282893	5.75663070722	-0.146354543502	-0.0261209177869	-0.231978163615	-0.115967208395	0.164774123061	-0.864519378581	0.198177076111	0.751138961411	-0.00589347714184	0.251328485702	0.0434865770345	-0.00585973594438	0.45277397169	-0.101083713931	0.423559914862	25.4591936905	4.07800049953	14.0133085944
2	8.53852238912	1.62146922163	0.36768861527	2.22390370336	0.913679988698	1.44441255892	-0.131097672587	-1.21396789473	-0.249698209075	0.574585356765	0.0148012023183	-0.73264992389	0.202390284737	0.53298127953	0.102741605632	0.469325838754	0.0600147062636	-0.0762751288874	0.707956693697	-0.0256414174178	0.459263952175	25.9087019475	6.42087047397	26.462987765
3	3.66972192382	-1.67861922588	0.735179165035	5.33826466613	-0.194925294166	2.62726100353	0.00166068658623	-0.0287349951559	-0.195409293543	0.0349858187722	-0.0493995378759	0.640482133964	-0.0102985217772	-0.112555767927	0.0495654695889	0.256347579194	-0.0111239090491	0.0143093117626	0.349638740984	-0.0314763509674	0.29207349964	-2.6453955972	11.6514313518	21.1020629965
4	6.96736719356	1.23072032937	1.99900424447	8.9079617803	5.30746089034	7.83947409036	0.0634431488249	-0.20099822444	-0.673549718394	0.924893858698	-0.116089449128	1.31087988816	1.34328389673	-0.401423839587	0.213329251734	0.571369548561	-0.0470677751638	0.0938520717866	0.527951923837	0.0732568302337	0.631831675736	-9.53539146808	-1.99878732368	29.2226532777
5	3.62115360244	-2.27500975311	-3.17819157984	3.09714187146	-0.503326855232	6.57071185918	0.417776432306	-1.73900977105	-1.41594604685	2.76615054129	-0.127344540685	-0.17421068914	1.29851516713	-0.93955702585	-0.191866755207	2.30961815566	-0.589657650583	-0.243344310825	1.65378831396	0.00803004379254	1.4718237615	-10.2316507933	-5.30794465565	37.1985900289
6	5.72032343781	2.5368634198	4.44409778296	9.13205641772	6.98413004841	7.94496808997	0.763183233074	-0.881579206739	-0.60469377401	1.32673316845	-0.751395975765	0.705094502886	1.05817730887	-0.984345481941	-0.0657073393535	0.585870290916	-0.102309467589	0.00695488488479	0.520731607823	0.112719495497	0.469435770429	-0.441920768201	5.23957998597	36.4960598051
7	3.29810850211	-1.6057483412	-0.430817006666	6.50121577534	1.08884810686	6.54909676943	0.217904324312	0.222303974355	0.442617050801	-0.209173349584	-0.125306632247	0.332599883072	-0.343623114528	-0.554362607988	-0.0997369742424	0.287932677181	-0.0339189166178	0.0843411696203	0.423156705697	0.0470705865877	0.399084374856	15.4373759078	8.36527242688	-7.64636463882
8	5.56597668698	0.363299694499	0.000170705618096	5.77924350248	1.35372054299	5.04851603401	-0.0120193231075	0.276281080287	0.0110391854106	-0.474075626424	-0.104051178349	0.233199975004	0.293500779977	-0.325516350865	0.107338074046	0.357183324341	-0.0705468148495	0.0572272639635	0.413023262424	0.0108052284965	0.218117789161	20.6980854192	-3.51489476426	-13.794527044
9	8.21830725245	0.288434562064	0.625645323504	3.72239756912	-3.822943192	5.98199388079	-0.324012908795	0.666244051968	-1.51918280772	0.379261859099	0.0602658681215	-0.237593724365	1.79847678517	-0.217369008972	0.365865080296	1.43820214637	0.16837821478	0.0252497979986	0.547013915542	-0.0480524312381	0.678486948463	33.6621884094	-27.1005025494	-6.06488013277
10	7.24551000001	1.88291843226	2.24429967423	8.81683456721	4.2563604609	5.1932949542	0.171349667078	0.72577403338	-0.162147605645	0.11832200129	0.116529800602	-0.976242198766	0.0916348720378	0.782706911795	-0.224431083936	0.696039409883	0.070567855973	-0.0114754637908	0.473509943736	0.064493359671	0.359348412574	37.2746185055	-14.5044810057	-11.5836351083
11	3.31389622171	-0.133030988001	-0.758703260027	6.24230483428	0.636983683335	3.76589496229	0.0442773568982	0.0202982656298	-0.303735364957	0.852792488332	-0.0120524421556	-0.329090807111	1.28549756102	0.311337283784	-0.0580754592298	0.864712475507	0.0516551971845	-0.0178685172233	0.452033392456	-0.024589898322	0.282137350388	30.398417895	-16.0316052028	-7.41243735961
12	2.72668550058	1.84646250759	-2.49144978974	5.60985165416	-5.6424929724	5.86989647299	-0.491463560722	0.760675942736	-0.0443703145962	-1.33343718848	-0.586653692684	-0.775570983914	1.0686029422	0.0188068704643	0.638419536619	1.56136656657	-0.957360086793	0.500784360182	0.334561788204	0.0785908716808	0.758398405328	22.5235430261	-25.5182840488	-18.9474389063
13	2.28034206153	-0.399403343309	-1.84225951668	9.2846914746	-1.78727968578	2.06287777613	-0.047882236807	0.178105269538	-0.85891247365	-1.38776730172	-0.382027950929	1.2445214	1.38690507795	-0.838743653269	0.306068599697	1.28578233418	-0.40975661061	0.141282228878	0.992984278671	-0.205423085041	0.780269755752	16.3393963984	-26.3919389866	-16.8789571199
14	3.82830281539	-1.0068969858	-2.3519299219	0.323307836703	1.05004397093	4.3732258992	-0.270143813923	-0.0947685687518	0.32186458788	1.86592007211	0.219950331629	-0.170076535722	-0.227282308265	0.136650661798	0.0319635601967	0.903321792824	-0.0253568756413	0.0516656867363	0.567184848574	-0.0213373880605	0.481395606755	29.872173438	-3.36508172127	-26.9256314401

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 252 through 308 )	A	A	252 - 308	1 - 57
2	2	chain 'A' and (resid 309 through 364 )	A	A	309 - 364	58 - 102
3	3	chain 'A' and (resid 365 through 514 )	A	A	365 - 514	103 - 252
4	4	chain 'B' and (resid 552 through 563 )	B	E	552 - 563	1 - 12
5	5	chain 'B' and (resid 564 through 568 )	B	E	564 - 568	13 - 17
6	6	chain 'B' and (resid 569 through 584 )	B	E	569 - 584	18 - 33
7	7	chain 'C' and (resid 253 through 346 )	C	G	253 - 346	1 - 76
8	8	chain 'C' and (resid 347 through 381 )	C	G	347 - 381	77 - 111
9	9	chain 'C' and (resid 382 through 402 )	C	G	382 - 402	112 - 132
10	10	chain 'C' and (resid 403 through 431 )	C	G	403 - 431	133 - 161
11	11	chain 'C' and (resid 432 through 509 )	C	G	432 - 509	162 - 239
12	12	chain 'D' and (resid 550 through 556 )	D	J	550 - 556	1 - 7
13	13	chain 'D' and (resid 557 through 576 )	D	J	557 - 576	8 - 27
14	14	chain 'D' and (resid 577 through 590 )	D	J	577 - 590	28 - 41

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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