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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9aur | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of loop-closed A21 2'-OMe dumbbell RNA bridged by glycine | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA / RNA aminoacylation / T-loop / glycine-bridged flexizyme | |||||||||
機能・相同性 | GLYCINE / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Radakovic, A. / Lewicka, A. / Todisco, M. / Aitken, H.R.M. / Weiss, Z. / Kim, S. / Bannan, A. / Piccirilli, J.A. / Szostak, J.W. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: A potential role for RNA aminoacylation prior to its role in peptide synthesis. 著者: Radakovic, A. / Lewicka, A. / Todisco, M. / Aitken, H.R.M. / Weiss, Z. / Kim, S. / Bannan, A. / Piccirilli, J.A. / Szostak, J.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9aur.cif.gz | 155.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9aur.ent.gz | 94.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9aur.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9aur_validation.pdf.gz | 708.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9aur_full_validation.pdf.gz | 711.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9aur_validation.xml.gz | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9aur_validation.cif.gz | 43.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/9aur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/9aur | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9ausC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24181.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23394.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 7142.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 化合物 | ChemComp-GLY / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8 詳細: 0.07 M Citric Acid; 0.03 M BIS-TRIS Propane; 16% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→54.99 Å / Num. obs: 65261 / % possible obs: 96.43 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.94 Å2 / CC1/2: 0.903 / Net I/σ(I): 9.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.626 Å / Num. unique obs: 6414 / CC1/2: 0.488 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→54.99 Å / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.4932 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→54.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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