PDB-9aub: PLP-dependent BesB-F231Y variant holoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9aub

タイトル

PLP-dependent BesB-F231Y variant holoenzyme

要素

BesB F231Y variant

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / pyridoxal 5'-phosphate / alkyne

生物種

Streptomyces achromogenes subsp. achromogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Hedges, J.B. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Terminal alkyne formation by a pyridoxal phosphate-dependent enzyme.
著者: Hedges, J.B. / Marchand, J.A. / Calvo-Tusell, C. / Wei, Z.W. / Millar, D.C. / Garcia-Borras, M. / Chang, M.C.Y. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9aub.cif.gz	263.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9aub.ent.gz	173.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9aub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9aub_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9aub_full_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示
XML形式データ	9aub_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	9aub_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/9aub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/9aub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9auaC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BesB F231Y variant

ヘテロ分子

58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.520, 58.520, 250.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"

#1: タンパク質	BesB F231Y variant 分子量: 57626.992 Da / 分子数: 1 / 変異: F231Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces achromogenes subsp. achromogenes (バクテリア) 発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.16 M magnesium acetate, 0.08 M Tris, 14-22% PEG 8000, and 15-20% glycerol, 4-10 mg/mL SAcBesB

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→46.97 Å / Num. obs: 82643 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4034 / CC_1/2: 0.35 / R_pim(I) all: 0.957 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→46.97 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4039 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	4124	5 %
R_work	0.167	78388	-
obs	0.1683	82512	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→46.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3673	0	25	461	4159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3781
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8269	5158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0767	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	676
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5972	2110

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.51	0.3184	141	0.317	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.3291	175	0.3093	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.53-1.55	0.3057	122	0.3129	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.55-1.57	0.3088	127	0.2899	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.57-1.59	0.3006	122	0.2849	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.59-1.61	0.3039	114	0.2597	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.61-1.63	0.2653	126	0.2302	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.63-1.66	0.3004	118	0.2264	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.66-1.69	0.2349	146	0.2145	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.69-1.72	0.2518	145	0.2019	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.72-1.75	0.2396	151	0.2012	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.75-1.78	0.2171	154	0.1897	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.78-1.82	0.2075	124	0.1905	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.82-1.86	0.2366	139	0.1818	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.86-1.9	0.1962	113	0.1772	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.9-1.95	0.2031	131	0.1667	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.95-2	0.2161	118	0.154	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2-2.06	0.1715	127	0.1521	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.06-2.12	0.1546	144	0.1487	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.12-2.2	0.1792	165	0.1457	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.2-2.29	0.1786	162	0.1491	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.39	0.1872	153	0.1536	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.39-2.52	0.1781	150	0.1564	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.52-2.68	0.1881	156	0.1607	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.88	0.1924	152	0.1569	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.17	0.203	125	0.1529	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.63	0.1712	194	0.1443	2718	X-RAY DIFFRACTION	98.71
3.63-4.58	0.1502	164	0.1315	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.58-46.97	0.1799	166	0.1735	2939	X-RAY DIFFRACTION	98.6

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -33.7049027239 Å / Origin y: 12.5201372712 Å / Origin z: -22.5507312002 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.122044021177 Å²	0.0123966824612 Å²	0.0172305048206 Å²	-	0.136720224572 Å²	0.000161531521399 Å²	-	-	0.150070360992 Å²
L	0.633882857722 °²	-0.232914857062 °²	-0.305698800751 °²	-	0.662276125882 °²	0.20215293844 °²	-	-	1.16165830837 °²
S	0.0365963321586 Å °	-0.0563638521199 Å °	0.0608443708229 Å °	0.0728309965308 Å °	0.0549921022333 Å °	-0.0526286848123 Å °	-0.0256253687731 Å °	0.105865766553 Å °	-0.0715439222965 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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