PDB-9aua: PLP-dependent BesB holoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9aua

タイトル

PLP-dependent BesB holoenzyme

要素

BesB

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / pyridoxal 5'-phosphate / alkyne

機能・相同性

ACETATE ION / Chem-AN7

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces achromogenes subsp. achromogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Hedges, J.B. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Terminal alkyne formation by a pyridoxal phosphate-dependent enzyme.
著者: Hedges, J.B. / Marchand, J.A. / Calvo-Tusell, C. / Wei, Z.W. / Millar, D.C. / Garcia-Borras, M. / Chang, M.C.Y. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9aua.cif.gz	224.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9aua.ent.gz	175.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9aua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9aua_validation.pdf.gz	806.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9aua_full_validation.pdf.gz	809.1 KB	表示
XML形式データ	9aua_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	9aua_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/9aua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/9aua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9aubC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BesB

ヘテロ分子

58.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.640, 58.640, 249.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	BesB 分子量: 57382.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces achromogenes subsp. achromogenes (バクテリア) 発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 512分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-AN7 / (3E)-4-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}-2-oxobut-3-enoic acid 分子量: 317.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.16 M magnesium acetate, 0.08 M Tris, 14-22% PEG 8000, and 15-20% glycerol, 4-10 mg/mL SAcBesB

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→50.78 Å / Num. obs: 126887 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.29→1.31 Å / 冗長度: 17.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6174 / CC_1/2: 0.375 / R_pim(I) all: 0.712 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.29→47.0759 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1837	6085	4.8 %
R_work	0.1673	-	-
obs	0.1681	126755	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→47.0759 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3666	0	46	504	4216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	5278
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.129	2142
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.3047	0.3498	207	0.3412	4027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3047-1.32	0.3182	195	0.3175	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.3361	0.313	228	0.31	4002	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3361-1.353	0.3152	203	0.3102	3884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.353-1.3708	0.2931	225	0.2952	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3708-1.3896	0.29	185	0.2759	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3896-1.4095	0.2534	236	0.2528	3928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4095-1.4305	0.249	201	0.244	4011	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4305-1.4529	0.2373	205	0.2332	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4529-1.4767	0.2422	211	0.2207	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4767-1.5021	0.2271	220	0.211	3971	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5021-1.5295	0.2305	182	0.1968	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5295-1.5589	0.2104	210	0.1967	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5589-1.5907	0.223	198	0.1984	3998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5907-1.6253	0.2066	187	0.1865	3997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6253-1.6631	0.1911	165	0.1754	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6631-1.7047	0.1722	216	0.1638	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7047-1.7508	0.1994	206	0.1599	3976	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7508-1.8023	0.1952	232	0.1616	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8023-1.8605	0.1743	191	0.1519	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8605-1.927	0.1547	184	0.1516	4023	X-RAY DIFFRACTION	100
1.927-2.0041	0.1698	184	0.1561	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0041-2.0953	0.1498	234	0.1467	4043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0953-2.2058	0.1652	229	0.1417	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2058-2.344	0.1631	205	0.1461	4076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.344-2.525	0.1901	183	0.1549	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.525-2.7791	0.1808	173	0.1557	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7791-3.1811	0.1476	212	0.1524	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1811-4.0075	0.1563	177	0.1387	4197	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0075-47.0759	0.1743	201	0.1629	4416	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -23.2061 Å / Origin y: 15.0232 Å / Origin z: 19.0112 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1281 Å²	0.0034 Å²	-0.0069 Å²	-	0.0913 Å²	0.0137 Å²	-	-	0.1195 Å²
L	0.3505 °²	0.1511 °²	-0.0276 °²	-	0.7385 °²	-0.3551 °²	-	-	1.0814 °²
S	0.0508 Å °	-0.0413 Å °	0.0212 Å °	0.0796 Å °	0.0252 Å °	0.0777 Å °	-0.1032 Å °	-0.0773 Å °	-0.0463 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 512分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 512分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 512分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)