PDB-9atx: AcpB protein from Bacillus anthracis, N-terminal part

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9atx

タイトル

AcpB protein from Bacillus anthracis, N-terminal part

要素

Capsule synthesis positive regulator AcpB

キーワード

TRANSCRIPTION / AcpB / transcription regulator / virulence / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

M protein trans-acting positive regulator (MGA) HTH domain / M protein trans-acting positive regulator (MGA) HTH domain / Mga helix-turn-helix domain / Mga helix-turn-helix domain / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / regulation of DNA-templated transcription / Capsule synthesis positive regulator AcpB

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Koehler, T.M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00035	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI033537	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: AcpB protein from Bacillus anthracis, N-terminal part
著者: Osipiuk, J. / Koehler, T.M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

履歴

登録	2024年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9atx.cif.gz	127.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9atx.ent.gz	98.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9atx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9atx_validation.pdf.gz	421.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9atx_full_validation.pdf.gz	421.6 KB	表示
XML形式データ	9atx_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	9atx_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9atx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9atx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP01167

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Capsule synthesis positive regulator AcpB

33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.546, 63.520, 119.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Capsule synthesis positive regulator AcpB 分子量: 32998.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Three N-terminal residues, SNA, are cloning artifacts 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌) 遺伝子: acpB, pXO2-53, BXB0060, GBAA_pXO2_0060 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RMX9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Capsule synthesis positive regulator AcpB

分子量: 32998.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Three N-terminal residues, SNA, are cloning artifacts
由来: (組換発現)

Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
遺伝子: acpB, pXO2-53, BXB0060, GBAA_pXO2_0060 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RMX9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 4.3% PEG-3000, 25% PEG-1000, 0.05 M Bicine pH 8.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→43.54 Å / Num. obs: 20624 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 1.136 / Net I/av σ(I): 26 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.11-2.15	2	0.721	1.08	744	0.503	0.818	0.554	0.915	1.057	74
2.15-2.19	2.4	0.678		903	0.538	0.837	0.479	0.836	1.051	85.3
2.19-2.23	3	0.622		957	0.638	0.883	0.396	0.742	0.987	93.1
2.23-2.27	3.8	0.576		1012	0.72	0.915	0.33	0.668	1.037	97.6
2.27-2.32	4.5	0.479		1039	0.834	0.954	0.247	0.541	1.035	99.5
2.32-2.38	5.3	0.434		1038	0.867	0.964	0.206	0.482	1.044	99.7
2.38-2.44	5.4	0.375		1032	0.905	0.975	0.175	0.415	1.077	99.9
2.44-2.5	6	0.324		1031	0.933	0.983	0.143	0.355	1.039	99.9
2.5-2.58	6.6	0.28		1055	0.957	0.989	0.117	0.304	1.04	100
2.58-2.66	6.7	0.236		1050	0.968	0.992	0.099	0.256	1.077	99.7
2.66-2.75	6.6	0.188		1044	0.983	0.996	0.079	0.205	1.089	100
2.75-2.86	6.5	0.15		1055	0.987	0.997	0.064	0.164	1.059	100
2.86-2.99	5.9	0.114		1035	0.991	0.998	0.051	0.125	1.077	99.6
2.99-3.15	6.6	0.094		1074	0.995	0.999	0.039	0.102	1.117	100
3.15-3.35	6.7	0.079		1059	0.995	0.999	0.033	0.086	1.182	100
3.35-3.61	6.6	0.058		1058	0.998	0.999	0.025	0.063	1.208	99.9
3.61-3.97	6	0.049		1075	0.998	1	0.022	0.053	1.309	100
3.97-4.54	6.7	0.043		1081	0.998	1	0.018	0.046	1.303	100
4.54-5.72	6.2	0.04		1102	0.998	1	0.017	0.044	1.227	99.7
5.72-43.54	5.8	0.035		1180	0.999	1	0.016	0.038	1.333	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.11→43.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 12.568 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24552	1024	5 %	RANDOM
R_work	0.20104	-	-	-
obs	0.20338	19550	97.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.577 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.11→43.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2268	0	0	57	2325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	1.876	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.544	1.791	5523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.492	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.457	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.298	10	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.22	4.299	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.22	4.3	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.958	7.702	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.956	7.705	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.027	5.011	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.015	5.008	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.948	8.918	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.969	43.22	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.969	43.17	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.162 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	57	-
R_work	0.324	1088	-
obs	-	-	75.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.1551 Å / Origin y: 32.6906 Å / Origin z: 11.6715 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.05 Å²	-0.0304 Å²	-0.0363 Å²	-	0.0189 Å²	0.0174 Å²	-	-	0.1036 Å²
L	0.4556 °²	0.1768 °²	-0.1848 °²	-	0.5684 °²	-0.1965 °²	-	-	0.3743 °²
S	0.1126 Å °	-0.0679 Å °	-0.0208 Å °	-0.0093 Å °	0.0182 Å °	-0.0808 Å °	0.0339 Å °	-0.0192 Å °	-0.1308 Å °

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