+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9atx | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | AcpB protein from Bacillus anthracis, N-terminal part | |||||||||
Components | Capsule synthesis positive regulator AcpB | |||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / AcpB / transcription regulator / virulence / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID | |||||||||
Function / homology | M protein trans-acting positive regulator (MGA) HTH domain / M protein trans-acting positive regulator (MGA) HTH domain / Mga helix-turn-helix domain / Mga helix-turn-helix domain / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / regulation of DNA-templated transcription / Capsule synthesis positive regulator AcpB Function and homology information | |||||||||
Biological species | Bacillus anthracis str. Ames (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.11 Å | |||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Koehler, T.M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: AcpB protein from Bacillus anthracis, N-terminal part Authors: Osipiuk, J. / Koehler, T.M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9atx.cif.gz | 127.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb9atx.ent.gz | 98.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9atx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9atx_validation.pdf.gz | 421.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 9atx_full_validation.pdf.gz | 421.6 KB | Display | |
Data in XML | 9atx_validation.xml.gz | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | 9atx_validation.cif.gz | 15.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9atx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9atx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|---|
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 32998.047 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Three N-terminal residues, SNA, are cloning artifacts Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis str. Ames (bacteria) Gene: acpB, pXO2-53, BXB0060, GBAA_pXO2_0060 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9RMX9 |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.02 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.8 / Details: 4.3% PEG-3000, 25% PEG-1000, 0.05 M Bicine pH 8.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 15, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.11→43.54 Å / Num. obs: 20624 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.136 / Net I/av σ(I): 26 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.11→43.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 12.568 / SU ML: 0.152 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.184 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.577 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.11→43.54 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|