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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9atj | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a m-chlorobenzyl 2-pyrrolidone inhibitor | |||||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / MERS / 3CL protease inhibitors / COVID-19 / viral protein / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS coronavirus main proteinase / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS coronavirus main proteinase / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / methylation / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Dampalla, C.S. / Groutas, W.C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: Structure-Guided Design of Potent Coronavirus Inhibitors with a 2-Pyrrolidone Scaffold: Biochemical, Crystallographic, and Virological Studies. 著者: Dampalla, C.S. / Kim, Y. / Zabiegala, A. / Howard, D.J. / Nguyen, H.N. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9atj.cif.gz | 143.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9atj.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9atj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9atj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9atj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9atj_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9atj_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9atj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9atj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9asvC 9aswC 9asyC 9aszC 9at0C 9at1C 9at3C 9at4C 9at5C 9at6C 9at7C 9ataC 9atdC 9ateC 9atfC 9atgC 9athC 9atiC 9atsC 9attC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34314.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3248-3553 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) 遺伝子: 1a / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K9N638, SARS coronavirus main proteinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-A1AGJ / ( 分子量: 617.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H37ClN4O9S |
#4: 化合物 | ChemComp-A1AGI / ( 分子量: 617.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C26H37ClN4O9S |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.59 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15% v/v PEG400, 100 mM MES, pH 6.0, 100 mM calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→49.3 Å / Num. obs: 49448 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 327562 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / % possible obs: 67.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Num. measured all: 15939 / Num. unique obs: 2591 / CC1/2: 0.701 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.9 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→23.82 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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