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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9atd | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a ethylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (S-enantiomer) inhibitor | |||||||||
![]() | 3C-like proteinase nsp5 | |||||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / MERS / 3CL protease inhibitors / COVID-19 / viral protein / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS coronavirus main proteinase / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS coronavirus main proteinase / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / methylation / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Dampalla, C.S. / Groutas, W.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Design of Potent Coronavirus Inhibitors with a 2-Pyrrolidone Scaffold: Biochemical, Crystallographic, and Virological Studies. 著者: Dampalla, C.S. / Kim, Y. / Zabiegala, A. / Howard, D.J. / Nguyen, H.N. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 991.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 992 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9asvC ![]() 9aswC ![]() 9asyC ![]() 9aszC ![]() 9at0C ![]() 9at1C ![]() 9at3C ![]() 9at4C ![]() 9at5C ![]() 9at6C ![]() 9at7C ![]() 9ataC ![]() 9ateC ![]() 9atfC ![]() 9atgC ![]() 9athC ![]() 9atiC ![]() 9atjC ![]() 9atsC ![]() 9attC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34314.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3248-3553 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: 1a / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-A1AGL / ( 分子量: 602.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N4O9S |
#3: 化合物 | ChemComp-A1AGK / ( 分子量: 602.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H46N4O9S |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→49.16 Å / Num. obs: 24796 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 119312 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Num. measured all: 8788 / Num. unique obs: 1825 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 0.952 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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