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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9at7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a 2,2-difluoro-5-methylbenzo[1,3]dioxole 2-pyrrolidone inhibitor | ||||||
![]() | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / protease / Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 / SARS-COV-2 3CL protease inhibitors / Covid-19 / viral protein / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P. / Dampalla, C.S. / Groutas, W.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Design of Potent Coronavirus Inhibitors with a 2-Pyrrolidone Scaffold: Biochemical, Crystallographic, and Virological Studies. 著者: Dampalla, C.S. / Kim, Y. / Zabiegala, A. / Howard, D.J. / Nguyen, H.N. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9asvC ![]() 9aswC ![]() 9asyC ![]() 9aszC ![]() 9at0C ![]() 9at1C ![]() 9at3C ![]() 9at4C ![]() 9at5C ![]() 9at6C ![]() 9ataC ![]() 9atdC ![]() 9ateC ![]() 9atfC ![]() 9atgC ![]() 9athC ![]() 9atiC ![]() 9atjC ![]() 9atsC ![]() 9attC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33921.629 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3264-3567 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | 分子量: 662.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H36F2N4O11S #3: 化合物 | 分子量: 662.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H36F2N4O11S #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 25% w/v PEG1500, 100 mM SPG, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→46.39 Å / Num. obs: 65689 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 28 / Num. measured all: 787079 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.157 / Num. measured all: 27290 / Num. unique obs: 3513 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.442 / Rrim(I) all: 1.241 / Χ2: 0.73 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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