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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9at4 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptane 2-pyrrolidone inhibitor | |||||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / protease / Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 / SARS-COV-2 3CL protease inhibitors / Covid-19 / viral protein / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / viral translational frameshifting / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P. / Dampalla, C.S. / Groutas, W.C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: Structure-Guided Design of Potent Coronavirus Inhibitors with a 2-Pyrrolidone Scaffold: Biochemical, Crystallographic, and Virological Studies. 著者: Dampalla, C.S. / Kim, Y. / Zabiegala, A. / Howard, D.J. / Nguyen, H.N. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9at4.cif.gz | 261.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9at4.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9at4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9at4_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9at4_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9at4_validation.xml.gz | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9at4_validation.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9at4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9at4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9asvC 9aswC 9asyC 9aszC 9at0C 9at1C 9at3C 9at5C 9at6C 9at7C 9ataC 9atdC 9ateC 9atfC 9atgC 9athC 9atiC 9atjC 9atsC 9attC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33921.629 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3264-3567 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1 #2: 化合物 | 分子量: 600.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44N4O9S #3: 化合物 | 分子量: 600.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44N4O9S #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0, 200 mM sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→49.3 Å / Num. obs: 131636 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 909962 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.134 / Num. measured all: 45832 / Num. unique obs: 6536 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.459 / Rrim(I) all: 1.225 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→24.65 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 18.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→24.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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