[日本語] English
万見
- PDB-9arr: Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with dicrotonyla... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9arr
タイトルCrystal structure of AF9 YEATS domain in complex with dicrotonylated at K1007 and K1014 MOZ
要素
  • Histone acetyltransferase KAT6A
  • Protein AF-9
キーワードTRANSCRIPTION / AF9 / MOZ / YEATS / crotonylation / Chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / histone H3 acetyltransferase activity / myeloid cell differentiation / anterior/posterior pattern specification / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process ...modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / histone H3 acetyltransferase activity / myeloid cell differentiation / anterior/posterior pattern specification / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / protein acetylation / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / hematopoietic stem cell differentiation / chromosome organization / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / histone acetyltransferase / Formation of RNA Pol II elongation complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / regulation of signal transduction by p53 class mediator / : / transcription coregulator activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / PML body / cellular senescence / nucleosome / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / chromosome / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / histone binding / transcription coactivator activity / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / : / YEATS superfamily / YEATS family ...: / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / PHD-finger / Acyl-CoA N-acyltransferase / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein AF-9 / Histone acetyltransferase KAT6A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Selvam, K. / Kutateladze, T.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL151334 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: A multivalent engagement of ENL with MOZ.
著者: Becht, D.C. / Selvam, K. / Lachance, C. / Cote, V. / Li, K. / Nguyen, M.C. / Pareek, A. / Shi, X. / Wen, H. / Blanco, M.A. / Cote, J. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2024年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
B: Protein AF-9
C: Histone acetyltransferase KAT6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,10314
ポリマ－34,3673
非ポリマー73611
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.364, 49.021, 78.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 16328.885 Da / 分子数: 2 / 断片: YEATS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド Histone acetyltransferase KAT6A / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 3 / MYST-3 / Monocytic leukemia zinc finger protein / Runt- ...MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 3 / MYST-3 / Monocytic leukemia zinc finger protein / Runt-related transcription factor-binding protein 2 / Zinc finger protein 220


分子量: 1709.146 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1005-1017 (Uniprot numbering) / 由来タイプ: 合成
詳細: residues K1007 and K1014 crotonylated (Uniprot numbering)
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92794, histone acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 138分子

#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M Lithium nitrate pH 7.1, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2023年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.97 Å / Num. obs: 27648 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.51 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Num. measured all: 7865 / Num. unique obs: 2370 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.407 / Rrim(I) all: 0.754 / Χ2: 0.47 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→45.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.758 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24748 1318 4.9 %RANDOM
Rwork0.20307 ---
obs0.20529 25539 91.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.71 Å2-0 Å2-0.37 Å2
2--5.99 Å2-0 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2422 0 49 127 2598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0122534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.6823400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6261.5935583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5165286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.645527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8410436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3184.5451153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.284.5461153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0938.1221436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0928.1251437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0855.3171381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.0825.3181382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.1659.3141965
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.87948.792686
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.89948.372676
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 109 -
Rwork0.329 2026 -
obs--99.49 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る