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- PDB-9arc: Crystal Structure of C0362 (TDE_0362 [TDE0362] resi 205-647) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9arc
タイトルCrystal Structure of C0362 (TDE_0362 [TDE0362] resi 205-647)
要素Bacterial Ig-like domain protein C0362
キーワードHYDROLASE / Papain-superfamily cysteine protease / virulence factor / TDE_0362 / alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity
類似検索 - 分子機能
Ig protease IdeS / Mac 1 / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bacterial Ig-like domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Clark, N.D. / Malkowski, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE023080-10 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2025
タイトル: A bipartite bacterial virulence factor targets the complement system and neutrophil activation.
著者: Kurniyati, K. / Clark, N.D. / Wang, H. / Deng, Y. / Sze, C.W. / Visser, M.B. / Malkowski, M.G. / Li, C.
履歴
登録2024年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial Ig-like domain protein C0362
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6394
ポリマ－55,5211
非ポリマー1173
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.598, 99.258, 121.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-850-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bacterial Ig-like domain protein C0362


分子量: 55521.414 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 205-647 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
遺伝子: TDE_0362 / プラスミド: pET101/D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q73QT1
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 20K, 0.1 M Tris, pH 8.0, 100 mM KBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→39.35 Å / Num. obs: 49945 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 32.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04881 / Rpim(I) all: 0.01791 / Rrim(I) all: 0.05208 / Net I/σ(I): 18.32
反射 シェル解像度: 1.77→1.833 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8283 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 4929 / CC1/2: 0.894 / CC star: 0.972 / Rpim(I) all: 0.3113 / Rrim(I) all: 0.8862 / % possible all: 99.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.8.92モデル構築
PHASER2.8.3位相決定
cctbx.xfelデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
DIALS2.2.10データ削減
xia20.6.475データ削減
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→39.35 Å / SU ML: 0.1981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0664
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 4710 4.97 %Random
Rwork0.198 90077 --
obs0.1994 49918 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→39.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3485 0 3 250 3738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00753730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92935078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0614516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5912504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.790.39211440.34492654X-RAY DIFFRACTION88.04
1.79-1.810.33091740.31543076X-RAY DIFFRACTION99.85
1.81-1.830.27591430.27162951X-RAY DIFFRACTION99.84
1.83-1.850.29871580.25993005X-RAY DIFFRACTION99.84
1.85-1.880.24471690.24853037X-RAY DIFFRACTION99.94
1.88-1.90.28391380.24523018X-RAY DIFFRACTION99.94
1.9-1.930.36961580.28842964X-RAY DIFFRACTION99.52
1.93-1.960.25441690.24293043X-RAY DIFFRACTION99.88
1.96-1.990.28951790.24133024X-RAY DIFFRACTION99.94
1.99-2.020.31131180.23173029X-RAY DIFFRACTION99.94
2.02-2.060.29561620.22542991X-RAY DIFFRACTION99.87
2.06-2.090.2471730.21953044X-RAY DIFFRACTION99.91
2.09-2.130.26471570.21532978X-RAY DIFFRACTION99.97
2.13-2.180.27071460.21713023X-RAY DIFFRACTION99.97
2.18-2.230.28121380.22553000X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.280.26751760.22843020X-RAY DIFFRACTION99.69
2.28-2.330.28951900.21663002X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.40.26951470.20723007X-RAY DIFFRACTION99.97
2.4-2.470.28621300.22453039X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.550.26531430.23143016X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.640.22551700.22723015X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.740.26281720.21943031X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.870.26051650.21612953X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.020.2211280.21923064X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.210.23651830.20253019X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.460.2081560.19693017X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.80.20091730.17193003X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.360.15841670.15322977X-RAY DIFFRACTION100
4.36-5.490.17381270.14443055X-RAY DIFFRACTION100
5.49-39.350.20561570.18583022X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.633987805929-1.02693627078-0.820299771153.1454790392.539743070181.929091469730.116697773193-0.02149583209470.0129325260551-0.199141720058-0.203108474980.0908925645457-0.354111710168-0.1383222583440.08231765796390.4028385641280.0256100170028-0.0574882992390.2628105527880.01887453639780.22497273180718.941273772340.669357918318.3560935037
20.9068349408070.1100281041821.193400442711.434463623010.6572208744634.38382912569-0.06215675431350.155343060126-0.131061305265-0.07696179482910.054192531224-0.266555662860.03800574914650.5566923905470.003805595139860.17822613296-0.0409296809475-0.004858705717270.283589658607-0.003122837267290.29283896445236.18408561888.73920492297-11.0709915178
31.49627136955-0.133949569347-0.2962499811062.388694779580.8601677898892.56536786657-0.07022719606150.2346297180730.198706749305-0.412131740814-0.0452575023358-0.114759817449-0.94999397158-0.02001965669630.07945774745710.478065069834-0.0481530165784-0.08915503303520.2526408141770.04930537345490.30925677505825.798613744325.1816731514-7.25314112108
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 211 through 383 )211 - 3831 - 170
22chain 'A' and (resid 384 through 475 )384 - 475171 - 262
33chain 'A' and (resid 476 through 650 )476 - 650263 - 431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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