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- PDB-9aqz: Crystal structure of Bcl-xL in complex with a small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9aqz
タイトルCrystal structure of Bcl-xL in complex with a small molecule inhibitor
要素Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-xL / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / RAS processing / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / spermatogenesis / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / neuron apoptotic process / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.961 Å
データ登録者Judge, R.A. / Judd, A.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: BCL-X L -targeting antibody-drug conjugates are active in preclinical models and mitigate on-mechanism toxicity of small-molecule inhibitors.
著者: Judd, A.S. / Bawa, B. / Buck, W.R. / Tao, Z.F. / Li, Y. / Mitten, M.J. / Bruncko, M. / Catron, N. / Doherty, G. / Durbin, K.R. / Enright, B. / Frey, R. / Haasch, D. / Haman, S. / Haight, A.R. ...著者: Judd, A.S. / Bawa, B. / Buck, W.R. / Tao, Z.F. / Li, Y. / Mitten, M.J. / Bruncko, M. / Catron, N. / Doherty, G. / Durbin, K.R. / Enright, B. / Frey, R. / Haasch, D. / Haman, S. / Haight, A.R. / Henriques, T.A. / Holms, J. / Izeradjene, K. / Judge, R.A. / Jenkins, G.J. / Kunzer, A. / Leverson, J.D. / Martin, R.L. / Mitra, D. / Mittelstadt, S. / Nelson, L. / Nimmer, P. / Palma, J. / Peterson, R. / Phillips, D.C. / Ralston, S.L. / Rosenberg, S.H. / Shen, X. / Song, X. / Vaidya, K.R. / Wang, X. / Wang, J. / Xiao, Y. / Zhang, H. / Zhang, X. / Blomme, E.A. / Boghaert, E.R. / Kalvass, J.C. / Phillips, A. / Souers, A.J.
履歴
登録2024年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_issue

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5734
ポリマ－18,6901
非ポリマー8843
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.031, 78.389, 144.774
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-450-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 18689.816 Da / 分子数: 1 / 変異: W24A,E158K,D189A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The following clone was used for structure studies [Bcl-xL (1-25)-GGGGGGG-(83-209) W24A, E158K, D189A]-LE-6His. In this form of the protein, an extended loop, residues 26-82 has been deleted ...詳細: The following clone was used for structure studies [Bcl-xL (1-25)-GGGGGGG-(83-209) W24A, E158K, D189A]-LE-6His. In this form of the protein, an extended loop, residues 26-82 has been deleted and replaced with seven glycine residues. Point mutations are listed above.,The following clone was used for structure studies [Bcl-xL (1-25)-GGGGGGG-(83-209) W24A, E158K, D189A]-LE-6His. In this form of the protein, an extended loop, residues 26-82 has been deleted and replaced with seven glycine residues. Point mutations are listed above.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-A1AFG / (3M)-3-(1-{[(1r,3R,5S,7r)-adamantan-1-yl]methyl}-5-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-6-{8-[(1,3-benzothiazol-2-yl)carbamoyl]-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl}pyridine-2-carboxylic acid


分子量: 658.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H38N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1 M sodium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M cadmium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.961→72.387 Å / Num. obs: 13959 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.961→1.995 Å / Num. unique obs: 672 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (8-JUN-2022)精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.961→72.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2644 676 -RANDOM
Rwork0.2429 ---
obs0.2439 13959 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8014 Å20 Å20 Å2
2---11.823 Å20 Å2
3---5.0216 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.961→72.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 0 50 85 1245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081191HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.781619HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d406SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes238HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1191HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion137SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact991SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.09
LS精密化 シェル解像度: 1.961→1.995 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 18 -
Rwork0.3032 --
obs--98.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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