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万見
- PDB-8zym: Complex structure of 60 Fab bound to DS2 prefusion F trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zym
タイトルComplex structure of 60 Fab bound to DS2 prefusion F trimer
要素
  • Fusion glycoprotein F0,Expression tag
  • antibody light chain
  • antidody heavy chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Respiratory syncytial virus / prefusion F protein / DS2 / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Wang, X. / Ge, J. / Guo, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2024
タイトル: DS2 designer pre-fusion F vaccine induces strong and protective antibody response against RSV infection.
著者: Yiling Yang / Ruoke Wang / Fenglin Guo / Tian Zhao / Yuqing Lei / Qianqian Yang / Yige Zeng / Ziqing Yang / Tatchapon Ajavavarakula / Ruijie Tan / Mingxi Li / Haodi Dong / Mengyue Niu / Keyan ...著者: Yiling Yang / Ruoke Wang / Fenglin Guo / Tian Zhao / Yuqing Lei / Qianqian Yang / Yige Zeng / Ziqing Yang / Tatchapon Ajavavarakula / Ruijie Tan / Mingxi Li / Haodi Dong / Mengyue Niu / Keyan Bao / Hao Geng / Qining Lv / Qi Zhang / Xuanling Shi / Peng Liu / Jiwan Ge / Xinquan Wang / Linqi Zhang /
要旨: DS-Cav1, SC-TM, and DS2 are distinct designer pre-fusion F proteins (pre-F) of respiratory syncytial virus (RSV) developed for vaccines. However, their immunogenicity has not been directly compared. ...DS-Cav1, SC-TM, and DS2 are distinct designer pre-fusion F proteins (pre-F) of respiratory syncytial virus (RSV) developed for vaccines. However, their immunogenicity has not been directly compared. In this study, we generated three recombinant vaccines using the chimpanzee adenovirus vector AdC68 to express DS-Cav1, SC-TM, and DS2. All three vaccines elicited robust serum binding and neutralizing antibodies following intramuscular priming and boosting. DS2 induced the strongest antibody responses, followed by SC-TM and DS-Cav1. DS2 also provided strong protection against live RSV challenge. Monoclonal antibodies (mAbs) isolated from long-lived antibody-secreting cells (ASCs) in the bone marrow six months post-immunization with AdC68-DS2 predominantly targeted site Ø as well as site II. One neutralizing antibody against site II, mAb60, conferred strong protection against live RSV infection in mice. These findings highlight the strong ability of the DS2 design in eliciting long-lived antibody responses and guide the development of next-generation RSV vaccines.
履歴
登録2024年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0,Expression tag
B: Fusion glycoprotein F0,Expression tag
C: Fusion glycoprotein F0,Expression tag
D: antibody light chain
E: antibody light chain
F: antibody light chain
G: antidody heavy chain
H: antidody heavy chain
I: antidody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,1489
ポリマ－260,1489
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0,Expression tag


分子量: 61266.660 Da / 分子数: 3
変異: S46G,E92D,V144S,A149C,S155C,S190F,V207L,S215P,S290C,L373R,Y458C,K465Q
由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Respiratory syncytial virus A2 (1972429) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID C3UPB8.
由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス), (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C3UPB8
#2: 抗体 antibody light chain


分子量: 12305.671 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 antidody heavy chain


分子量: 13143.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RSV prefusion protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82401 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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