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- PDB-8zxu: Crystal structure of N terminal deletion mutant of Staphylococcal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zxu
タイトルCrystal structure of N terminal deletion mutant of Staphylococcal atypical two-cysteine thiol peroxidase complexed with substrate analog
要素Thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Staphylococcus aureus / Virulence / Atypical two-cysteine thiol peroxidase / Mutant / Substrate analog
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1-HYDROXYSULFANYL-4-MERCAPTO-BUTANE-2,3-DIOL / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / IMIDAZOLE / HYDROGEN PEROXIDE / Thiol peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Shukla, M. / Maji, S. / Yadav, V.K. / Bhattacharyya, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)SRG/2020/001353 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of N terminal deletion mutant of Staphylococcal atypical two-cysteine thiol peroxidase complexed with substrate analog
著者: Shukla, M. / Maji, S. / Yadav, V.K. / Bhattacharyya, S.
履歴
登録2024年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol peroxidase
B: Thiol peroxidase
C: Thiol peroxidase
D: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,95421
ポリマ－65,6374
非ポリマー2,31717
水12,160675
1
A: Thiol peroxidase
D: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,15611
ポリマ－32,8192
非ポリマー1,3389
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiol peroxidase
ヘテロ分子

C: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,79810
ポリマ－32,8192
非ポリマー9798
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)38.267, 148.331, 72.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Thiol peroxidase / Tpx / Peroxiredoxin tpx / Prx / Thioredoxin peroxidase / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin


分子量: 16409.303 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tpx, SACOL1762 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5HF61, thioredoxin-dependent peroxiredoxin

-
非ポリマー , 7種, 692分子

#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#4: 化合物 ChemComp-A1L2G / O-tert-Butylhydroxylamine


分子量: 89.136 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H11NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-DTO / 1-HYDROXYSULFANYL-4-MERCAPTO-BUTANE-2,3-DIOL


分子量: 170.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3S2
#7: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium sulfate, HEPES, PEG400 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2024年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40.93 Å / Num. obs: 112790 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 408053
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Num. measured all: 60733 / Num. unique obs: 16057 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.278 / Net I/σ(I) obs: 3.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PSQ

1psq


解像度: 1.55→40.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.753 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19503 5635 5 %RANDOM
Rwork0.16254 ---
obs0.16419 107108 95.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.422 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.19 Å2-0 Å2-0.05 Å2
2--3.32 Å20 Å2
3---3.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→40.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4616 0 149 675 5440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0124868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2911.6286568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7791.58510757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1685608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.73424.625253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7815799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8921520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.025503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8551.5422402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8551.5412401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6662.3133002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6662.3143003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1891.8362466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1891.8372467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0632.6323561
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.72731.27721128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.56430.58820452
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A45350.12
12B45350.12
21A45310.11
22C45310.11
31A44960.12
32D44960.12
41B44650.13
42C44650.13
51B45520.11
52D45520.11
61C45170.11
62D45170.11
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.588 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 390 -
Rwork0.227 7624 -
obs--91.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10640.1258-0.00370.47530.15530.11250.01750.00780.0074-0.0028-0.0175-0.0057-0.0105-0.01610.00010.00560.0003-0.00130.01190.00520.034813.8688-14.628819.2924
20.1353-0.10020.02760.3440.14870.11950.0139-0.0054-0.00490.0077-0.01350.00140.0127-0.0118-0.00040.00450.00220.00320.01230.00510.0324-5.607613.941517.4361
30.01210.07350.00810.5428-0.14310.5493-0.0018-0.0031-0.00960.0055-0.0052-0.0397-0.08340.01670.0070.0167-0.0073-0.00050.01480.01690.034917.3197-31.867748.7786
40.02360.10370.08450.60580.17620.59690.0132-0.01310.00930.0253-0.04270.02260.0861-0.04860.02950.0158-0.01190.0040.0189-0.01640.03092.1076-42.551712.4464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 901
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4D16 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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