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万見
- PDB-8zx8: Structure-Based Mechanism and Specificity of Human Galactosyltran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zx8
タイトルStructure-Based Mechanism and Specificity of Human Galactosyltransferase B3GalT5
要素Beta-1,3-galactosyltransferase 5
キーワードTRANSFERASE / globo-series glycosphingolipid biosynthesis / Oxocarbenium / SNi-like / SN2-like / double displacement / inverting galactosyltransferase / Michaelis complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Lewis blood group biosynthesis / N-acetyl-beta-D-glucosaminide beta-(1,3)-galactosyltransferase activity / oligosaccharide biosynthetic process / protein O-linked glycosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / protein glycosylation / response to bacterium / lipid metabolic process / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 31 / Galactosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Beta-1,3-galactosyltransferase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lo, J.M. / Ma, C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Structure-Based Mechanism and Specificity of Human Galactosyltransferase beta 3GalT5.
著者: Lo, J.M. / Kung, C.C. / Cheng, T.R. / Wong, C.H. / Ma, C.
履歴
登録2024年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-galactosyltransferase 5
B: Beta-1,3-galactosyltransferase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,50317
ポリマ－65,1012
非ポリマー5,40115
水1,56787
1
A: Beta-1,3-galactosyltransferase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,18410
ポリマ－32,5511
非ポリマー2,6339
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
B: Beta-1,3-galactosyltransferase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3197
ポリマ－32,5511
非ポリマー2,7686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.802, 86.535, 87.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.709, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-1,3-galactosyltransferase 5


分子量: 32550.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B3GALT5 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y2C3

-
糖 , 6種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpNAcb1-3DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpNAcb1-3DGalpa1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 95分子

#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#9: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M BIS-TRIS Propane pH8.5, 0.2M Potassium Sodium Tartrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 24050 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Num. unique obs: 1042 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30.72 Å / SU ML: 0.3135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8338
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 1170 4.86 %
Rwork0.1988 22880 -
obs0.1998 24050 85.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4382 0 350 87 4819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00844856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19756574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0737765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0209786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9241846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.50.3179690.2641272X-RAY DIFFRACTION38.55
2.5-2.640.2965920.25422055X-RAY DIFFRACTION61.48
2.64-2.80.30211710.25922893X-RAY DIFFRACTION87.69
2.8-3.020.27731450.2453297X-RAY DIFFRACTION99.31
3.02-3.320.27171730.22993327X-RAY DIFFRACTION99.89
3.32-3.80.22841670.20473345X-RAY DIFFRACTION99.94
3.8-4.780.15941760.15743318X-RAY DIFFRACTION99.18
4.79-30.720.18411770.16913373X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.87347452071 Å / Origin y: 8.2221905263 Å / Origin z: 15.0324233144 Å
111213212223313233
T0.473818869028 Å2-0.0510981919592 Å20.080332225961 Å2-0.204633413476 Å20.0181692539603 Å2--0.403105237756 Å2
L0.296576063697 °2-0.238363961811 °20.645163583511 °2-0.18815894154 °2-0.0820303737001 °2--1.60009434428 °2
S-0.0288431231377 Å °0.12041344341 Å °0.0219745145461 Å °-0.250969223847 Å °0.00374618588802 Å °0.0199151746183 Å °-0.124903089459 Å °0.146515221887 Å °0.0215606681804 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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