PDB-8zwv: The Crystal Structure of carbonic anhydrase II from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zwv

タイトル

The Crystal Structure of carbonic anhydrase II from Biortus.

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of carbonic anhydrase II from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zwv.cif.gz	76.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zwv.ent.gz	52.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zwv_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zwv_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8zwv_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8zwv_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7onvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.525, 72.204, 74.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 29346.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-V7Z / methanesulfonamide / 72879 / Methane sulfonamide / Methylsulfonamide / メタンスルホンアミド分子量: 95.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Hepes pH7.5, 30% PEG4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→42.53 Å / Num. obs: 37316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1847 / CC_1/2: 0.825

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ONV

7onv

解像度: 1.5→36.905 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.382 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	1903	5.108 %
R_work	0.1523	35352	-
all	0.154	-	-
obs	-	37255	99.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.931 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.73 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.799 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.905 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2073	0	18	244	2335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.879	1.835	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.634	1.782	4762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.925	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.046	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.719	10	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.845	10	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.16	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.568	1.576	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.561	1.575	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.27	2.831	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.28	2.832	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.349	1.915	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.348	1.916	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.056	3.32	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.054	3.321	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.954	19.394	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.747	16.08	2363

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.241	138	0.22	2590	0.221	2728	0.946	0.956	100	0.196
1.539-1.581	0.229	143	0.2	2507	0.202	2650	0.951	0.967	100	0.179
1.581-1.627	0.223	138	0.191	2412	0.193	2551	0.954	0.97	99.9608	0.168
1.627-1.677	0.191	130	0.174	2387	0.175	2518	0.971	0.975	99.9603	0.15
1.677-1.732	0.202	123	0.17	2284	0.171	2407	0.965	0.978	100	0.149
1.732-1.792	0.187	97	0.153	2256	0.154	2353	0.979	0.983	100	0.134
1.792-1.86	0.19	131	0.15	2169	0.152	2301	0.977	0.985	99.9565	0.133
1.86-1.935	0.188	127	0.14	2038	0.143	2165	0.979	0.987	100	0.124
1.935-2.021	0.158	114	0.139	1991	0.14	2105	0.984	0.988	100	0.126
2.021-2.12	0.183	92	0.143	1925	0.145	2017	0.976	0.987	100	0.132
2.12-2.234	0.186	109	0.146	1816	0.148	1925	0.977	0.986	100	0.136
2.234-2.369	0.17	94	0.145	1727	0.147	1821	0.98	0.987	100	0.137
2.369-2.532	0.172	90	0.154	1623	0.155	1713	0.981	0.985	100	0.148
2.532-2.733	0.242	77	0.154	1525	0.158	1603	0.964	0.985	99.9376	0.147
2.733-2.993	0.184	86	0.146	1405	0.148	1492	0.98	0.986	99.933	0.144
2.993-3.343	0.159	65	0.142	1283	0.143	1350	0.984	0.987	99.8519	0.146
3.343-3.855	0.204	55	0.145	1161	0.147	1218	0.976	0.987	99.8358	0.155
3.855-4.709	0.175	34	0.135	997	0.136	1035	0.979	0.989	99.6135	0.15
4.709-6.605	0.173	28	0.151	788	0.152	822	0.99	0.988	99.2701	0.167
6.605-36.905	0.172	32	0.174	468	0.173	506	0.978	0.978	98.8142	0.183

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)