PDB-8zwq: pseudorabies virus dUTPase structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zwq

タイトル

pseudorabies virus dUTPase structure

要素

dUTPase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Pseudorabies virus / DUTPase / Dimer

機能・相同性

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTP metabolic process / dUTPase-like / dUTPase / dUTP diphosphatase activity / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / dUTPase

機能・相同性情報

生物種

Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Wang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural definition of pseudorabies virus dUTPase reveals a novel folding dimer in the herpesviruses family
著者: Wang, Y.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zwq.cif.gz	406.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zwq.ent.gz	293.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8zwq_validation.pdf.gz	789.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zwq_full_validation.pdf.gz	817.9 KB	表示
XML形式データ	8zwq_validation.xml.gz	44.8 KB	表示
CIF形式データ	8zwq_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwq	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (4)

登録構造単位

A: dUTPase

C: dUTPase

B: dUTPase

D: dUTPase

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dUTPase

C: dUTPase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: dUTPase

D: dUTPase

登録者が定義した集合体
59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.249, 103.264, 98.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.472, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	dUTPase 分子量: 29720.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL50 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: G3G945
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Tris/HCl (pH 8.5) 2.0 M Ammonium hydrogenphosphate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.0083 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0083 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 46889 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.54 Å² / CC_1/2: 0.87 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.23→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.519 / Num. unique obs: 4491 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.283 / R_rim(I) all: 0.653

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.23→48.45 Å / SU ML: 0.385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 42.8809
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3385	2340	5.01 %
R_work	0.2771	44331	-
obs	0.2802	46671	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→48.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6868	0	21	325	7214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7101
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1477	9711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1051
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	1289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0082	2621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.23-2.28	0.437	113	0.3444	2438	X-RAY DIFFRACTION	93
2.28-2.33	0.3986	146	0.3256	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.33-2.38	0.3672	125	0.3061	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.38-2.44	0.3919	144	0.2971	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.44-2.51	0.3421	135	0.2937	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.51-2.58	0.3807	142	0.281	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.58-2.67	0.3619	129	0.2896	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.67-2.76	0.3736	133	0.2773	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.76-2.87	0.3067	146	0.2644	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.87-3	0.3424	138	0.274	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3-3.16	0.3616	145	0.2719	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.16-3.36	0.3279	151	0.2704	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.36-3.62	0.3199	146	0.2608	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.62-3.98	0.3459	138	0.2532	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.98-4.56	0.2726	136	0.2435	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.56-5.74	0.3269	136	0.2646	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.57
5.74-48.45	0.3422	137	0.3165	2598	X-RAY DIFFRACTION	96.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0336247234494	0.00806193761065	0.0262616043389	0.065160359827	-0.0149685024069	0.0228904802941	-0.0137269974113	0.070802008113	0.17083624509	0.185963609565	0.0588525589917	-0.0798761482323	0.0202378926575	-0.124381306037	-4.89666377285E-5	0.232398531301	-0.027023955501	-0.0236796870467	0.232660052067	0.0233809345868	0.201936996417	12.527706148	-11.385482625	15.8711845609
2	0.00587265309	0.0019965617391	0.00721529935786	0.00430230297885	0.00324212403408	0.00676542043923	3.67121874807E-5	-0.0350181242127	0.0723477775754	0.0903160248264	-0.00249457464362	0.00849887604394	-0.0623531239225	0.0203915245949	-0.00720430061403	0.176530375323	0.0962604742274	0.046948457642	0.167255537839	0.157099445127	0.000589474173807	6.43815138799	-9.10439156446	17.7136830837
3	0.0503114231276	0.0366826170124	0.0400416177971	0.136973257606	0.0241717314098	0.114958681571	-0.015917102657	0.100321237404	0.0604561974827	0.155105959446	0.0447431812266	-0.171307545028	0.162499522256	0.209576493664	0.0273154132501	0.215617836392	0.0255690251078	0.0455415495774	0.1878579688	0.0479062497783	0.258539749526	18.282149014	9.08324952513	3.82236225408
4	0.0663058265909	-0.0187787086701	0.00844246568321	0.00422222929856	-0.00313026078786	0.00203597774198	0.122412805885	0.0544406882522	0.179499358528	0.0935850884928	-0.0442753039872	0.244782522368	-0.156025230453	0.0416379257796	0.0174103693066	0.313893157186	0.00412097015722	0.0760914956455	0.165170713959	0.0824287587487	0.294889202699	7.42724669564	12.6751729491	6.8107346181
5	0.0175756284019	0.0277956056021	-0.00470791292945	0.0275720398708	-0.00143631862167	0.000149983971773	-0.0944146099142	-0.119515682834	0.0599046876034	0.0577209469587	-0.0220150272228	-0.100315671895	-0.0309198447138	-0.0235684504232	-0.0724100718779	-0.0371619667822	-0.0212391555871	-0.129845079756	0.204096762828	0.0743756644059	0.105025017957	10.7678564621	3.96261616352	14.191922709
6	0.0141630908554	0.0340657920146	-0.0204025181782	0.0449005701445	0.00987075606141	0.149377638163	0.0354406179425	0.135480543278	0.0684540128244	-0.0184609872783	-0.0636464672013	0.0395871640578	-0.0540152530524	-0.0769952802003	-0.0100724485172	0.123141557037	0.0384048588839	-0.0662469171888	0.238392594219	0.0839547841136	0.329802619167	4.79302127498	9.5194733527	12.6916986282
7	0.0111793538346	0.00111709569384	-0.0273708586587	0.226700548603	0.00780112567561	0.037858085683	0.0286432436529	-0.010513450473	0.0667824065017	-0.102310293672	-0.154635830492	0.129490674684	-0.0714674961766	-0.0463732248121	-0.0336174877887	0.117807957873	-0.028551530863	-0.0221104742452	0.176860754516	-0.0031372810735	0.143833670101	7.3550269936	2.25165823877	9.72809722357
8	0.0397660093124	0.0497704916757	0.00936635849718	0.0563781755944	0.0104902029267	0.00176463588542	0.113953198509	-0.0844352892719	0.0306715633582	0.0558982712325	-0.0358966000208	-0.00129574698023	-0.0448349018438	0.0385411357091	0.00948998729982	0.255914997339	-0.0404264732677	0.0773539889669	0.352438806021	-0.14052019883	0.209946161892	12.5459005462	-17.5755723468	3.70901241071
9	0.0288441024982	0.0886793757625	0.00447309415355	0.236012951355	0.000298805652958	0.0617655500102	0.0551669118424	-0.00899946374851	0.0455935971743	0.0528104324461	-0.0324767818915	0.183507801729	-0.0433584234883	-0.126311380428	0.00218030430292	0.205897842554	0.0422800756947	-0.00613480128754	0.229396523098	0.0212711318497	0.196441051001	6.25704793352	-36.065211989	10.9152217325
10	0.098255590631	-0.016335765324	0.0365427471707	0.0455583282586	0.0791713252001	0.186691980742	6.26877021043E-5	0.0578214740105	-0.144089418202	0.0788863924173	0.0342967784818	0.0495328868371	0.114546009967	0.136930477905	0.0640480336221	0.24179981619	0.0457750799069	0.0211341211331	0.093023878851	-0.0185942337523	0.24758507375	17.4388509844	-57.7663392	9.89732183638
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14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 103 through 124 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 125 through 150 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 151 through 172 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 173 through 198 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 199 through 228 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 229 through 248 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 25 through 39 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 40 through 52 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 53 through 102 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 103 through 124 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 125 through 143 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 144 through 165 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 166 through 182 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 183 through 203 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 204 through 228 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 229 through 238 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 239 through 248 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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