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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8zwq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | pseudorabies virus dUTPase structure | ||||||
Components | dUTPase | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Pseudorabies virus / DUTPase / Dimer | ||||||
| Function / homology | Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTP metabolic process / dUTPase-like / dUTPase / dUTP diphosphatase activity / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / dUTPase Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() Suid alphaherpesvirus 1 | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.23 Å | ||||||
Authors | Wang, Y. | ||||||
| Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2024Title: Structural definition of pseudorabies virus dUTPase reveals a novel folding dimer in the herpesvirus family. Authors: Li, J. / Ma, S. / Yang, R. / Xu, J. / Wang, Y. / Ye, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8zwq.cif.gz | 407.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8zwq.ent.gz | 293.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8zwq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 29720.746 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Suid alphaherpesvirus 1 / Gene: UL50Production host: References: UniProt: G3G945 #2: Chemical | ChemComp-MG / | #3: Chemical | ChemComp-UMP / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.8 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M Tris/HCl (pH 8.5) 2.0 M Ammonium hydrogenphosphate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 1.0083 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 7, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0083 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.23→50 Å / Num. obs: 46889 / % possible obs: 98.97 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.54 Å2 / CC1/2: 0.87 / Net I/σ(I): 12.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.23→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.519 / Num. unique obs: 4491 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.283 / Rrim(I) all: 0.653 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.23→48.45 Å / SU ML: 0.385 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 42.8809 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 39.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.23→48.45 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Suid alphaherpesvirus 1
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
Citation
PDBj





