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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zvh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AetD in complex with L-phenylalanine | ||||||
要素 | AetD | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / nitrile synthase / iron-dependent / L-phenylalanine | ||||||
機能・相同性 | Haem oxygenase-like, multi-helical / metal ion binding / : / NICKEL (II) ION / PHENYLALANINE / AetD 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Dai, L. / Zheng, H.B. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2024 タイトル: Structural and molecular insights of two unique enzymes involved in the biosynthesis of a natural halogenated nitrile. 著者: Chen, C.C. / Li, H. / Huang, J.W. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zvh.cif.gz | 120.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zvh.ent.gz | 91.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8zvh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8zvh_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8zvh_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8zvh_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8zvh_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/8zvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/8zvh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8zvgC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28707.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア) 遺伝子: aetD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B387 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NI / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.01 M nickel chloride, 20% PEG 2000 MME, 0.1 M Tris, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→32.54 Å / Num. obs: 39895 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.9 Å / Num. unique obs: 1866 / CC1/2: 0.831 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→32.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.381 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.003 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.87→32.54 Å
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拘束条件 |
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