PDB-8zvh: Crystal structure of AetD in complex with L-phenylalanine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zvh

タイトル

Crystal structure of AetD in complex with L-phenylalanine

要素

AetD

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / nitrile synthase / iron-dependent / L-phenylalanine

機能・相同性

Haem oxygenase-like, multi-helical / metal ion binding / : / NICKEL (II) ION / PHENYLALANINE / AetD

機能・相同性情報

生物種

Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Li, H. / Dai, L. / Zheng, H.B. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural and molecular insights of two unique enzymes involved in the biosynthesis of a natural halogenated nitrile.
著者: Chen, C.C. / Li, H. / Huang, J.W. / Guo, R.T.

履歴

登録	2024年6月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月18日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zvh.cif.gz	120.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zvh.ent.gz	91.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/8zvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/8zvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zvgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: AetD

B: AetD

ヘテロ分子

58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.043, 65.043, 116.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	AetD 分子量: 28707.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア) 遺伝子: aetD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B387
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01 M nickel chloride, 20% PEG 2000 MME, 0.1 M Tris, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→32.54 Å / Num. obs: 39895 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.87→1.9 Å / Num. unique obs: 1866 / CC_1/2: 0.831

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SAINT		データスケーリング
SAINT		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→32.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 4.381 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25043	2002	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19165	-	-	-
obs	0.19476	37561	99.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.003 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.87→32.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3852	0	31	417	4300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.64	5338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.34	1.577	8523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.452	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.094	22.426	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.06	15	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.832	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.648	3.282	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.646	3.282	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.743	4.907	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.742	4.907	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.234	3.595	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.233	3.595	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.944	5.241	3011
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.578	39.049	4874
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.514	38.738	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	126	-
R_work	0.296	2843	-
obs	-	-	99.66 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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