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万見
- PDB-8zv9: Complex structure of HLA2402 with recognizing SARS-CoV-2 Y453F ep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zv9
タイトルComplex structure of HLA2402 with recognizing SARS-CoV-2 Y453F epitope NYNYLFRLF
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / MHC / Complex / epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / amyloid fibril formation / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / learning or memory / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Spike glycoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Deng, S.S. / Jin, T.C. / Xu, Z.H. / Wang, M.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82272301 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into immune escape at killer T cell epitope by SARS-CoV-2 Spike Y453F variants.
著者: Deng, S. / Xu, Z. / Wang, M. / Hu, J. / Liu, Z. / Zhu, F. / Zheng, P. / Kombe Kombe, A.J. / Zhang, H. / Wu, S. / Jin, T.
履歴
登録2024年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Spike protein S1
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Spike protein S1
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,92311
ポリマ－135,7999
非ポリマー1242
水6,810378
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3905
ポリマ－45,2663
非ポリマー1242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2663
ポリマ－45,2663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
3
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2663
ポリマ－45,2663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.060, 167.490, 168.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 32136.467 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7T3RIT5
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Spike protein S1


分子量: 1250.425 Da / 分子数: 3 / Mutation: Y453F / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG8000, 0.1 M HEPES 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.33 Å / Num. obs: 42070 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 18.43
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.6-2.671.18130200.8451.231
2.67-2.740.96729890.89611
2.74-2.820.829130.9280.8311
2.82-2.910.64328340.9490.6691
2.91-30.46627310.9740.4851
3-3.110.38726710.9840.4041
3.11-3.220.29225500.9870.3041
3.22-3.360.2125000.9950.2191
3.36-3.50.15723530.9970.1631
3.5-3.680.1222780.9980.1251
3.68-3.870.09921800.9980.1031
3.87-4.110.0820480.9990.0841
4.11-4.390.06619590.9990.0691
4.39-4.750.05918350.9990.0611
4.75-5.20.05616710.9990.0591
5.2-5.810.05415340.9990.0571
5.81-6.710.05213720.9990.0551
6.71-8.220.04211600.9990.0441
8.22-11.620.0369310.9990.0381

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HGD

5hgd


解像度: 2.6→45.33 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 2034 4.84 %
Rwork0.2442 --
obs0.2464 42031 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9300 0 8 383 9691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0563541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.42851600.39842562X-RAY DIFFRACTION99
2.66-2.730.41181130.35352632X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.80.3811650.34642606X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.880.39281190.31142636X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.980.33261480.30342633X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.080.38271240.30922624X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.20.35511410.32212628X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.350.30921430.29462674X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.530.34361240.26692633X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.750.27561280.24892656X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.040.28741170.23422702X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.440.26411310.2082682X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.090.24251500.19442701X-RAY DIFFRACTION100
5.09-6.40.25051320.21632746X-RAY DIFFRACTION100
6.4-45.330.24731390.20352882X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.6713 Å / Origin y: -65.4645 Å / Origin z: -24.7766 Å
111213212223313233
T0.2468 Å2-0.0517 Å2-0.0338 Å2-0.3842 Å20.0014 Å2--0.3733 Å2
L0.0692 °20.111 °2-0.1415 °2-0.4212 °2-0.002 °2--0.5694 °2
S-0.0033 Å °0.1035 Å °-0.0433 Å °0.0497 Å °0.1307 Å °0.0394 Å °0.1108 Å °-0.1131 Å °0.0006 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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