PDB-8zuh: Crystal structure of bovine Fbs2/Skp1/Man3GlcNAc2 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zuh

タイトル

Crystal structure of bovine Fbs2/Skp1/Man3GlcNAc2 complex

要素

F-box only protein 6
S-phase kinase-associated protein 1

キーワード

LIGASE / UBIQUITIN / SCF / FBS2 / LIGASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of BACH1 activity / Iron uptake and transport / Activation of NF-kappaB in B cells / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Satoh, T. / Mizushima, T. / Yagi, H. / Kato, R. / Kato, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of sugar recognition by SCF FBS2 ubiquitin ligase involved in NGLY1 deficiency.
著者: Satoh, T. / Yagi-Utsumi, M. / Ishii, N. / Mizushima, T. / Yagi, H. / Kato, R. / Tachida, Y. / Tateno, H. / Matsuo, I. / Kato, K. / Suzuki, T. / Yoshida, Y.

履歴

登録	2024年6月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zuh.cif.gz	329.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zuh.ent.gz	224.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zuh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zuh_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zuh_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8zuh_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	8zuh_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/8zuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/8zuh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e31S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (15) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (12) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (12) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5)

登録構造単位

A: F-box only protein 6

B: S-phase kinase-associated protein 1

C: F-box only protein 6

ヘテロ分子

82.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: F-box only protein 6

B: S-phase kinase-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
50.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: F-box only protein 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.720, 115.720, 110.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁
Space group name Hall	P4w
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/4 #3: y,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質

F-box only protein 6 / F-box protein that recognizes sugar chains 2

分子量: 30806.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: FBXO6, FBS2, FBX6 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3SX24

#2: タンパク質

S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / S-phase kinase-associated protein 1A / p19A / p19skp1

分子量: 18972.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SKP1, SKP1A / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZCF3

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.9 M Sodium citrate/0.1 M Tris-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 24111 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 88.03 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 3.2→3.39 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.244 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3869 / CC_1/2: 0.673 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF-Q3SX24-F1,2E31

2e31

解像度: 3.2→40.91 Å / SU ML: 0.4447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6669
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2468	1269	5.27 %
R_work	0.2061	22825	-
obs	0.2084	24094	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→40.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5187	0	124	14	5325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	5459
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1668	7420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0596	821
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	929
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5687	2084

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.33	0.3577	106	0.2889	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.33-3.48	0.3622	126	0.2531	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.48-3.66	0.2607	123	0.2309	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.89	0.2194	185	0.1967	2483	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.89-4.19	0.219	144	0.1756	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.19-4.61	0.1954	142	0.1711	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.61-5.28	0.2256	155	0.1666	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-6.65	0.2372	124	0.2228	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.85
6.65-40.91	0.273	164	0.224	2566	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0223287213186	1.22463904029	0.560532253825	1.20541183082	0.572754021734	0.115744577393	0.271237093045	0.115879466848	-0.223148093217	0.151482930028	-0.143654240997	0.0627827381373	-0.530453939674	0.00307183500717	-3.13903684216E-5	0.767422044487	-0.123975680118	-0.0357919376523	0.775555487379	0.0151640732685	0.797698551461	20.7394813099	18.658982109	13.8935387724
2	1.61026945974	0.274854534602	0.761066218401	1.18215688913	0.423082977248	2.14157965386	0.0652973745889	0.000865203351776	0.0861249631643	-0.15753916724	0.0591894024657	0.0219963634538	-0.145064145761	0.144797163694	3.89898891033E-6	0.668610727003	0.000575092415921	0.0140437167555	0.571660818264	-0.00153237726235	0.686117454502	8.76861311913	8.75168910377	-14.9932046724
3	0.193533511652	0.0528454104719	0.108390242433	0.212205494786	0.153079524756	0.0804520179597	0.303200654655	-1.25417261588	0.14629404342	0.359939671357	-0.454252069859	-0.00720939242143	-0.138369902211	0.645971625561	0.000528779434673	0.880740047307	0.00673931297384	0.125668126213	0.914345179523	-0.231088343224	1.017364426	34.1601118739	53.0390649704	27.8414913324
4	0.0411023910694	-0.0353461905424	-0.0382284124823	0.133182502733	-0.118365158521	0.107431149114	0.174474819277	0.100722492432	0.0105012750582	-0.0712410062158	-0.151164463189	0.183099610745	-0.73502360258	0.348248291497	-0.000293814561592	0.850854474486	0.156415206822	-0.015919098013	0.879770203681	0.00580730837751	0.791487150268	28.4809100349	52.9343613346	20.565101536
5	0.0540530228006	0.0351406866512	0.101326258893	0.0132706793583	0.0643610675997	0.0555676031824	-0.732255725736	-0.870140763088	-0.222630008362	0.475558684786	0.851801957496	-0.0931890229607	0.0782600467929	0.286856742362	0.000782097871162	0.954929374012	-0.0745084220061	0.106768627433	1.0938715356	-0.194636595054	0.893897487468	25.8985188977	48.9141033443	29.621581688
6	0.0977608683072	-0.129219688825	-0.0240245396647	0.141935451504	0.0505231800298	0.0274267754375	-0.569063821275	0.362332134813	0.545859125339	-0.674538683993	-0.404939272657	-0.501530787609	0.310892908822	0.477782929578	7.30055710745E-5	0.676602251867	0.0319072111638	0.0419374817945	0.802579772646	-0.052944076949	0.93051486804	34.5846646332	45.4519326942	18.0312179657
7	0.0700178840621	-0.13845970549	-0.128375393263	0.363913868856	0.244986283845	0.145278207641	-0.113181221699	-0.537956078432	0.0998653339947	-0.455419186924	-0.0172252235274	0.506669557524	0.519284045994	0.370153356724	-0.000272207033835	0.754478497743	-0.0733904871293	-0.00337965888643	0.812185941114	0.0238554426508	0.85828671038	33.3865498448	39.0294627389	9.48110544776
8	0.046811990104	0.163461722081	-0.00909083799368	0.267882375961	-0.0538613741107	0.0948677341715	0.19376958738	-0.210827299277	0.580685527564	0.0710047723059	0.152973213389	-0.26003447237	-0.127793045648	0.145761665438	0.000782409713095	0.63509494981	-0.0581444036597	0.0517973138736	0.735366308118	0.00822507213477	0.835365170374	32.6563200159	36.179057736	23.6783384591
9	-0.0130291363642	-0.0263827949862	0.0252593351144	-0.00384964917655	-0.0098456806177	-0.00391052958045	-0.171037454224	0.162979438861	-0.740184879346	-0.500045848309	0.0395393253397	0.44473691671	0.768221350292	0.425502219074	-0.000576146710663	0.764111778361	-0.090260314938	-0.0783136996589	0.846251966819	0.0893263097392	0.801969375518	30.7283903791	30.733083793	15.2985970385
10	0.0626085770405	0.0114773483649	-0.113302194024	0.0332708706491	-0.0304453360711	0.120140671046	0.720429907852	0.914563313314	0.116409399431	-0.907978552416	-0.0202616112838	-0.653611606049	0.254230704444	-0.114378223133	-0.000278637408241	0.876962044221	0.035251952201	-0.218061613456	0.849166252231	-0.133115631029	0.98183162463	39.8477282168	16.9907116882	17.0676347837
11	0.0392744807208	0.0130295736465	0.00164030272983	0.00919648415211	-0.0182113229611	0.0692194925651	-0.0142146399565	-0.171558167368	0.525620933167	0.0188103708087	0.127974826689	-0.363845856118	0.295506257593	0.542966074935	0.000421289991196	1.62119921435	-0.00887678575319	-0.329642738814	1.34750785664	-0.0378320259836	1.19597844043	38.0291841203	10.8854053242	27.6621117504
12	-0.0205792860793	0.0174594305731	-0.0142907681877	0.0346465572622	-0.0813705004783	0.0891889033247	-0.438168781977	0.453170299214	0.307504735475	0.264055562385	0.237160320889	0.250949043196	0.324326459316	-0.169381559228	0.000967167139804	1.0396327936	0.155464788199	-0.300502309518	0.991728355625	-0.0870567245391	1.53684428706	28.9421672188	4.67374028589	17.2971407033
13	-0.0226274251637	0.0996182023414	-0.0448502341437	0.270967428054	-0.101206005291	0.170459289258	-0.120512699357	1.27275843604	-0.974541189428	-0.583401928612	-0.092413874177	-0.261319414918	0.92703275018	1.308061124	0.00119068282054	1.56642144596	0.501898780349	0.0977543637672	1.28757333885	-0.264464182879	1.19601596449	67.303828518	28.8391091432	-29.5176498708
14	-0.209481349804	0.0187977701342	0.10560972998	0.60014540449	-0.124228766928	-0.0155058335885	0.0910201676864	0.2329761282	0.142897574892	0.00295122608289	-0.114789635728	-0.160798924678	0.748339918737	0.45366023012	4.7346557129E-5	0.948552100869	0.076040788278	0.0800091473374	1.0125293035	-0.00789862851886	0.814984172033	59.4018917734	36.4675767411	-16.7472467151
15	1.15651892975	-0.700318163141	-0.305366518279	0.862633157714	0.415814272281	2.39485517053	0.0527399231453	-0.032667235059	-0.188809986803	-0.0657045682872	-0.101450683873	0.0273510902728	-0.00694862244202	0.2128482247	-7.0226342897E-6	0.637402313173	0.0107173944345	0.014019722645	0.597494057394	0.0260368011981	0.626272998305	60.5011043333	45.7107569824	3.83164898946

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 6 through 87 )	A	A	6 - 87	1 - 82
2	2	chain 'A' and (resid 88 through 259 )	A	A	88 - 259	83 - 254
3	3	chain 'B' and (resid 2 through 12 )	B	B	2 - 12	1 - 11
4	4	chain 'B' and (resid 13 through 23 )	B	B	13 - 23	12 - 22
5	5	chain 'B' and (resid 24 through 51 )	B	B	24 - 51	23 - 42
6	6	chain 'B' and (resid 52 through 64 )	B	B	52 - 64	43 - 55
7	7	chain 'B' and (resid 65 through 96 )	B	B	65 - 96	56 - 73
8	8	chain 'B' and (resid 97 through 112 )	B	B	97 - 112	74 - 89
9	9	chain 'B' and (resid 113 through 127 )	B	B	113 - 127	90 - 104
10	10	chain 'B' and (resid 128 through 139 )	B	B	128 - 139	105 - 116
11	11	chain 'B' and (resid 140 through 147 )	B	B	140 - 147	117 - 124
12	12	chain 'B' and (resid 148 through 160 )	B	B	148 - 160	125 - 137
13	13	chain 'C' and (resid 12 through 54 )	C	C	12 - 54	1 - 38
14	14	chain 'C' and (resid 55 through 87 )	C	C	55 - 87	39 - 71
15	15	chain 'C' and (resid 88 through 258 )	C	C	88 - 258	72 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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