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万見
- PDB-8zu6: Solution NMR Structure of PACT D3 Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zu6
タイトルSolution NMR Structure of PACT D3 Homodimer
要素Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A
キーワードPROTEIN BINDING / dsRNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of regulatory ncRNA processing / pre-miRNA binding / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RISC-loading complex / RISC complex assembly / miRNA processing / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / RISC complex ...regulation of regulatory ncRNA processing / pre-miRNA binding / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RISC-loading complex / RISC complex assembly / miRNA processing / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / RISC complex / outer ear morphogenesis / skeletal system morphogenesis / middle ear morphogenesis / MicroRNA (miRNA) biogenesis / protein kinase activator activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / antiviral innate immune response / enzyme activator activity / PKR-mediated signaling / response to virus / double-stranded RNA binding / cellular response to oxidative stress / protein stabilization / immune response / negative regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PRKRA, first double-stranded RNA binding domain / PRKRA, second double-stranded RNA binding domain / PRKRA, third double-stranded RNA binding domain / : / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Zhao, L. / Ahmad, S. / Hur, S. / Chou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: PACT prevents aberrant activation of PKR by endogenous dsRNA without sequestration.
著者: Ahmad, S. / Zou, T. / Hwang, J. / Zhao, L. / Wang, X. / Davydenko, A. / Buchumenski, I. / Zhuang, P. / Fishbein, A.R. / Capcha-Rodriguez, D. / Orgel, A. / Levanon, E.Y. / Myong, S. / Chou, J. ...著者: Ahmad, S. / Zou, T. / Hwang, J. / Zhao, L. / Wang, X. / Davydenko, A. / Buchumenski, I. / Zhuang, P. / Fishbein, A.R. / Capcha-Rodriguez, D. / Orgel, A. / Levanon, E.Y. / Myong, S. / Chou, J. / Meyerson, M. / Hur, S.
履歴
登録2024年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A
B: Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5432
ポリマ－20,5432
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Interferon-inducible double-stranded RNA-dependent protein kinase activator A / PKR-associated protein X / PKR-associating protein X / Protein activator of the interferon-induced ...PKR-associated protein X / PKR-associating protein X / Protein activator of the interferon-induced protein kinase / Protein kinase / interferon-inducible double-stranded RNA-dependent activator


分子量: 10271.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKRA, PACT, RAX, HSD-14, HSD14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75569
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-1H NOESY
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM [U-13C; U-15N] PACT D3, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-15N] PACT D3, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMPACT D3[U-13C; U-15N]1
0.7 mMPACT D3[U-15N]2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
XEASYBartels et al.精密化
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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