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- PDB-8ztb: Crystal Structure of Active Site Influencing Variant (F218Y) of I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ztb
タイトルCrystal Structure of Active Site Influencing Variant (F218Y) of Imp-1 Metallo-beta-lactamase.
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Carbapenemase / Metallo-Hydrolase / Antimicrobial Resistance.
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Metallo-beta-lactamase IMP-1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Baidya, S. / Dhankhar, K. / Hazra, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Board of Research in Nuclear Sciences (BRNS)54/14/03/2023-BRNS/12162 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Active Site Influencing Variant (F218Y) of Imp-1 Metallo-beta-lactamase.
著者: Baidya, S. / Dhankhar, K. / Hazra, S.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Metallo-beta-lactamase type 2
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,74418
ポリマ－48,7022
非ポリマー1,04316
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.418, 49.301, 110.696
Angle α, β, γ (deg.)90, 92.348, 90
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / BLA-IMP / IMP-1 / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase type II


分子量: 24350.750 Da / 分子数: 2 / 変異: F218Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52699, beta-lactamase

-
非ポリマー , 8種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium Citrate, 34% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→24.682 Å / Num. obs: 12578 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 16.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
8.7-24.6712.50.0394430.9990.0150.042
2.9-3.0813.90.54724720.9740.2180.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
CrysalisProデータ収集
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→24.682 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 46.148 / SU ML: 0.395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.438 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 550 4.451 %
Rwork0.2095 11807 -
all0.212 --
obs-12357 97.932 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.772 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.956 Å2-0 Å21.202 Å2
2---8.027 Å20 Å2
3---5.952 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3425 0 46 25 3496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.8284809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9065440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.10956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.60410603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.50210138
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.21927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22346
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1240.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.5360.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1930.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1912.7651762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.474.962197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0462.9021783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.3965.312611
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it23.09132.6965661
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.38533545
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.9-2.9740.474390.3128410.3188840.8860.95999.54750.289
2.974-3.0550.353410.2418330.2468740.9110.971000.21
3.055-3.1420.291380.2188310.2218730.9560.97699.54180.187
3.142-3.2370.296350.1668210.1718570.9610.98599.88330.141
3.237-3.3410.203360.1697720.1718090.9820.98799.87640.153
3.341-3.4560.271450.1797400.1847860.9430.98399.87280.159
3.456-3.5840.277450.2357170.2377670.9440.96999.34810.213
3.584-3.7270.349140.3176520.3177420.9190.9489.75740.282
3.727-3.8890.377160.3276410.3297030.8860.95193.45660.312
3.889-4.0740.226250.2096280.2096880.9760.97494.91280.174
4.074-4.2870.195310.1646020.1666350.9750.98299.6850.147
4.287-4.5390.29210.1735840.1766260.9350.9896.64540.155
4.539-4.8410.319290.2035270.2095810.9470.97595.69710.183
4.841-5.2120.197320.1915040.1925380.9630.97899.62830.18
5.212-5.6840.18240.1774770.1775010.980.981000.169
5.684-6.3130.323230.1964370.2014640.9340.97799.13790.187
6.313-7.2120.33190.1813970.1894160.9520.981000.169
7.212-8.650.432160.1543400.1633580.8980.98699.44130.154
8.65-11.5440.136100.1452770.1442900.9930.98798.96550.149
11.544-24.6820.397110.2391860.2462000.8680.96598.50.235
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5994-0.51160.06836.10360.20522.2310.06870.264-0.0721-0.6373-0.21750.7896-0.0131-0.36450.14880.0779-0.001-0.08870.1872-0.03040.113165.739512.25720.5779
23.435-0.1899-0.21876.1556-0.20722.00720.01380.2827-0.015-0.598-0.1908-0.88330.06350.40390.17710.06020.03520.08830.16980.04920.138135.28330.059720.5578
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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