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- PDB-8zsa: Crystal structure of 4VPMT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zsa
タイトルCrystal structure of 4VPMT2
要素4VPMT2
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / 4-vinylanisole biosynthesis
機能・相同性4-ethenylphenol / S-ADENOSYLMETHIONINE
機能・相同性情報
生物種Locusta migratoria (トノサマバッタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Gao, L. / Yang, J. / Lei, X.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22193073 and 92253305 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Decoding 4-vinylanisole biosynthesis and pivotal enzymes in locusts.
著者: Guo, X. / Gao, L. / Li, S. / Gao, J. / Wang, Y. / Lv, J. / Wei, J. / Yang, J. / Ke, H. / Ding, Q. / Yang, J. / Guo, F. / Zhang, H. / Lei, X. / Kang, L.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年7月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32025年8月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4VPMT2
B: 4VPMT2
C: 4VPMT2
D: 4VPMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,5389
ポリマ－147,8254
非ポリマー1,7145
水64936
1
A: 4VPMT2
C: 4VPMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8295
ポリマ－73,9122
非ポリマー9173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22410 Å2
手法PISA
2
B: 4VPMT2
D: 4VPMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7094
ポリマ－73,9122
非ポリマー7972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.525, 101.525, 326.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
4VPMT2


分子量: 36956.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Locusta migratoria (トノサマバッタ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-4VP / 4-ethenylphenol


分子量: 120.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 MMT buffer, 25% PEG1500, pH7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 38865 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.955 / Rrim(I) all: 0.36 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1303 / CC1/2: 0.629 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.42→29.62 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 3144 8.09 %
Rwork0.2124 --
obs0.2152 38865 76.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8811 0 117 36 8964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5212498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8531231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.42-3.470.3115450.3069523X-RAY DIFFRACTION25
3.47-3.530.3777700.3309753X-RAY DIFFRACTION35
3.53-3.590.3217850.2909967X-RAY DIFFRACTION46
3.59-3.650.3928970.31131083X-RAY DIFFRACTION52
3.65-3.720.3151050.29781144X-RAY DIFFRACTION53
3.72-3.80.29581080.27461171X-RAY DIFFRACTION56
3.8-3.880.30851040.26251231X-RAY DIFFRACTION57
3.88-3.970.30881130.24711276X-RAY DIFFRACTION61
3.97-4.070.28781310.22151478X-RAY DIFFRACTION67
4.07-4.180.22691330.21241546X-RAY DIFFRACTION73
4.18-4.30.25581350.20961651X-RAY DIFFRACTION78
4.3-4.440.21671640.19571878X-RAY DIFFRACTION87
4.44-4.60.23381830.19672000X-RAY DIFFRACTION93
4.6-4.780.20631720.20342006X-RAY DIFFRACTION96
4.78-50.21311950.20562116X-RAY DIFFRACTION99
5-5.260.31661860.21522129X-RAY DIFFRACTION100
5.26-5.590.23271870.2132149X-RAY DIFFRACTION100
5.59-6.020.27971980.2282103X-RAY DIFFRACTION100
6.02-6.610.26291960.22322134X-RAY DIFFRACTION100
6.62-7.550.21411820.19912115X-RAY DIFFRACTION100
7.56-9.470.20231760.15862143X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.3352 Å / Origin y: 2.0404 Å / Origin z: 8.2938 Å
111213212223313233
T0.4775 Å20.1134 Å20.0823 Å2-0.2977 Å2-0.0104 Å2--0.2852 Å2
L0.6833 °2-0.086 °2-0.1107 °2-0.8657 °2-0.2704 °2--1.0009 °2
S-0.1339 Å °0.1324 Å °-0.0447 Å °0.0455 Å °-0.1826 Å °-0.059 Å °0.1747 Å °-0.1083 Å °0.2274 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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