PDB-8zsa: Crystal structure of 4VPMT2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zsa

タイトル

Crystal structure of 4VPMT2

要素

4VPMT2

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / 4-vinylanisole biosynthesis

機能・相同性

4-ethenylphenol / S-ADENOSYLMETHIONINE

機能・相同性情報

生物種

Locusta migratoria (トノサマバッタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.42 Å

データ登録者

Gao, L. / Yang, J. / Lei, X.G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Decoding 4-vinylanisole biosynthesis and pivotal enzymes in locusts.
著者: Guo, X. / Gao, L. / Li, S. / Gao, J. / Wang, Y. / Lv, J. / Wei, J. / Yang, J. / Ke, H. / Ding, Q. / Yang, J. / Guo, F. / Zhang, H. / Lei, X. / Kang, L.

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zsa.cif.gz	460.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zsa.ent.gz	374.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zsa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zsa_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zsa_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8zsa_validation.xml.gz	46.9 KB	表示
CIF形式データ	8zsa_validation.cif.gz	59.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/8zsa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/8zsa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4VPMT2

B: 4VPMT2

C: 4VPMT2

D: 4VPMT2

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4VPMT2

C: 4VPMT2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4VPMT2

D: 4VPMT2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.525, 101.525, 326.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	4VPMT2 分子量: 36956.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Locusta migratoria (トノサマバッタ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-4VP / 4-ethenylphenol / 4-ビニルフェノ-ル分子量: 120.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 MMT buffer, 25% PEG1500, pH7.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 38865 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.955 / R_rim(I) all: 0.36 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 3.4→3.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1303 / CC_1/2: 0.629 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.42→29.62 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	3144	8.09 %
R_work	0.2124	-	-
obs	0.2152	38865	76.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.42→29.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8811	0	117	36	8964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.52	12498
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.853	1231
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.42-3.47	0.3115	45	0.3069	523	X-RAY DIFFRACTION	25
3.47-3.53	0.3777	70	0.3309	753	X-RAY DIFFRACTION	35
3.53-3.59	0.3217	85	0.2909	967	X-RAY DIFFRACTION	46
3.59-3.65	0.3928	97	0.3113	1083	X-RAY DIFFRACTION	52
3.65-3.72	0.315	105	0.2978	1144	X-RAY DIFFRACTION	53
3.72-3.8	0.2958	108	0.2746	1171	X-RAY DIFFRACTION	56
3.8-3.88	0.3085	104	0.2625	1231	X-RAY DIFFRACTION	57
3.88-3.97	0.3088	113	0.2471	1276	X-RAY DIFFRACTION	61
3.97-4.07	0.2878	131	0.2215	1478	X-RAY DIFFRACTION	67
4.07-4.18	0.2269	133	0.2124	1546	X-RAY DIFFRACTION	73
4.18-4.3	0.2558	135	0.2096	1651	X-RAY DIFFRACTION	78
4.3-4.44	0.2167	164	0.1957	1878	X-RAY DIFFRACTION	87
4.44-4.6	0.2338	183	0.1967	2000	X-RAY DIFFRACTION	93
4.6-4.78	0.2063	172	0.2034	2006	X-RAY DIFFRACTION	96
4.78-5	0.2131	195	0.2056	2116	X-RAY DIFFRACTION	99
5-5.26	0.3166	186	0.2152	2129	X-RAY DIFFRACTION	100
5.26-5.59	0.2327	187	0.213	2149	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-6.02	0.2797	198	0.228	2103	X-RAY DIFFRACTION	100
6.02-6.61	0.2629	196	0.2232	2134	X-RAY DIFFRACTION	100
6.62-7.55	0.2141	182	0.1991	2115	X-RAY DIFFRACTION	100
7.56-9.47	0.2023	176	0.1586	2143	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.3352 Å / Origin y: 2.0404 Å / Origin z: 8.2938 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4775 Å²	0.1134 Å²	0.0823 Å²	-	0.2977 Å²	-0.0104 Å²	-	-	0.2852 Å²
L	0.6833 °²	-0.086 °²	-0.1107 °²	-	0.8657 °²	-0.2704 °²	-	-	1.0009 °²
S	-0.1339 Å °	0.1324 Å °	-0.0447 Å °	0.0455 Å °	-0.1826 Å °	-0.059 Å °	0.1747 Å °	-0.1083 Å °	0.2274 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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