PDB-8zrs: Crystal structure of Skd3, AAA+ only

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zrs

タイトル

Crystal structure of Skd3, AAA+ only

要素

Caseinolytic peptidase B protein homolog

キーワード

CHAPERONE / Disaggregase

機能・相同性

機能・相同性情報

head development / thigmotaxis / anatomical structure morphogenesis / cerebellum development / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.39 Å

データ登録者

Lee, S. / Lee, C.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Skd3, AAA+ only
著者: Lee, S. / Lee, C.

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zrs.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zrs.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zrs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zrs_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zrs_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8zrs_validation.xml.gz	134.3 KB	表示
CIF形式データ	8zrs_validation.cif.gz	170.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/8zrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/8zrs	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (4)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (4)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#250 - 2020年10月
カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Caseinolytic peptidase B protein homolog

B: Caseinolytic peptidase B protein homolog

C: Caseinolytic peptidase B protein homolog

D: Caseinolytic peptidase B protein homolog

E: Caseinolytic peptidase B protein homolog

F: Caseinolytic peptidase B protein homolog

G: Caseinolytic peptidase B protein homolog

H: Caseinolytic peptidase B protein homolog

I: Caseinolytic peptidase B protein homolog

J: Caseinolytic peptidase B protein homolog

K: Caseinolytic peptidase B protein homolog

L: Caseinolytic peptidase B protein homolog

ヘテロ分子

501 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.857, 172.407, 140.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Caseinolytic peptidase B protein homolog 分子量: 41651.566 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: clpb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8M3AT32
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 100 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.39→50 Å / Num. obs: 79613 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 0.701 / Net I/σ(I): 5.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.4-3.46	6.1	0.614	3862	0.917	0.978	0.261	0.669	0.445	96.2
3.46-3.52	6.4	0.548	3942	0.946	0.986	0.231	0.597	0.451	98.3
3.52-3.59	6.5	0.454	3981	0.968	0.992	0.191	0.494	0.461	98.9
3.59-3.66	6.8	0.408	3916	0.978	0.994	0.168	0.442	0.462	99
3.66-3.74	6.8	0.349	3981	0.98	0.995	0.144	0.378	0.48	99.1
3.74-3.83	6.7	0.31	3966	0.98	0.995	0.128	0.336	0.481	99.1
3.83-3.92	6.6	0.272	4014	0.984	0.996	0.114	0.296	0.516	99
3.92-4.03	6.2	0.201	3976	0.987	0.997	0.089	0.22	0.552	99.3
4.03-4.15	6.5	0.16	4035	0.992	0.998	0.068	0.175	0.571	99.3
4.15-4.28	6.6	0.144	3940	0.992	0.998	0.061	0.157	0.615	99.3
4.28-4.44	7.2	0.125	3974	0.995	0.999	0.05	0.135	0.633	99.2
4.44-4.61	7.4	0.105	3974	0.996	0.999	0.041	0.113	0.689	99.2
4.61-4.82	7.4	0.104	3957	0.997	0.999	0.041	0.112	0.732	99.1
4.82-5.08	7.4	0.098	4075	0.996	0.999	0.039	0.105	0.744	99.4
5.08-5.4	7.3	0.107	3924	0.997	0.999	0.042	0.115	0.746	99.2
5.4-5.81	7.2	0.102	3993	0.996	0.999	0.04	0.11	0.728	99.5
5.81-6.4	7.1	0.096	4033	0.996	0.999	0.038	0.103	0.8	98.9
6.4-7.32	6.6	0.08	3995	0.996	0.999	0.033	0.087	0.931	99.1
7.32-9.21	6.3	0.05	3979	0.998	0.999	0.021	0.055	1.202	98.5
9.21-50	7.2	0.045	4096	0.998	1	0.018	0.048	1.608	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.39→14.904 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 34.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2837	1943	2.49 %
R_work	0.2293	-	-
obs	0.2307	78005	97.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.39→14.904 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28227	0	60	0	28287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	27609
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.42	37401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.954	9756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	4402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4768

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3904-3.4741	0.3403	132	0.3143	5045	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4741-3.5668	0.4137	144	0.2994	5340	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5668-3.6703	0.4295	144	0.2891	5448	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6703-3.7869	0.2891	134	0.2718	5443	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7869-3.9198	0.3221	133	0.2647	5498	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9198-4.0737	0.301	142	0.243	5394	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0737-4.255	0.3486	138	0.2202	5511	X-RAY DIFFRACTION	99
4.255-4.4736	0.1994	133	0.2051	5457	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4736-4.7453	0.2467	152	0.1864	5546	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7453-5.0981	0.2531	133	0.1997	5433	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0981-5.5864	0.302	141	0.2285	5517	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5864-6.3397	0.2773	136	0.2576	5471	X-RAY DIFFRACTION	98
6.3397-7.7925	0.2578	146	0.2512	5493	X-RAY DIFFRACTION	98
7.7925-14.904	0.2358	135	0.1817	5466	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0808	-1.9453	0.4715	5.2973	-0.7467	1.5661	-0.0576	-1.0022	0.0838	0.2743	0.2768	-0.0681	1.3654	1.2059	-0.2897	0.9494	0.3991	0.0433	1.609	-0.0934	0.7604	140.19	64.332	-29.595
2	6.5326	1.1763	1.2307	1.9074	-1.4348	2.2977	-1.0859	-1.8002	0.8612	0.202	1.5606	-0.7748	0.5314	1.5436	-0.2456	1.1282	0.4128	-0.0757	2.0908	-0.3175	0.9216	149.225	69.089	-26.674
3	3.933	0.4032	-4.074	1.5187	-0.6406	7.1909	0.3771	-0.0663	0.282	0.0735	0.0203	-0.0503	-0.5188	0.4401	-0.3285	0.5835	0.0411	-0.0135	1.0173	-0.1664	0.7841	125.409	72.266	-11.016
4	5.445	1.382	2.2599	4.4164	1.2732	5.3954	-0.0162	0.1979	-0.8094	-0.3422	-0.1225	-0.1088	0.2401	-0.3965	0.1247	0.6251	-0.0271	0.0306	0.6591	-0.051	0.7987	172.11	64.906	29.126
5	5.5201	1.4716	2.1503	4.5935	0.9697	5.5414	-0.1253	-0.2689	0.1561	0.2295	-0.0523	-0.2362	-0.3422	-0.0745	0.1124	0.4541	0.058	0.0454	0.4513	0.021	0.5218	171.512	78.227	34.108
6	8.1213	-2.5825	1.2564	2.7839	0.5113	4.1958	-0.1279	-0.4659	0.7526	0.1863	-0.0415	-0.3499	0.328	0.7951	0.2247	0.6116	0.028	0.0059	0.9427	0.088	0.7195	206.632	70.524	41.449
7	2.8634	2.2055	-1.0139	4.6738	1.3768	9.3527	0.0047	0.07	0.9241	0.3629	-0.2782	0.0274	-0.5423	-0.0851	0.2623	0.5692	0.0649	-0.0667	0.8153	-0.0617	0.701	180.228	116.683	39.386
8	7.0751	-1.4942	-2.4694	1.265	-1.2989	4.245	0.1569	0.8535	0.7647	-0.8348	-0.1645	0.0592	0.0189	-0.2955	0.0207	0.8158	-0.0736	-0.0007	0.6927	0.1994	0.8526	179.786	117.412	21.619
9	2.2957	0.934	-2.7686	3.8239	-3.6361	5.2136	0.2436	0.4255	0.1781	-0.0473	-0.2459	0.4755	-0.0018	-0.0225	-0.5677	0.6241	-0.7551	0.2625	-0.9949	0.2061	0.6898	183.847	118.717	25.796
10	8.2369	-2.1932	-1.2559	1.5315	0.5711	1.51	-0.1845	-0.3753	-0.4519	0.2299	0.0356	0.3108	0.0376	-0.4215	0.1775	0.6324	0.0167	-0.0182	0.7451	-0.0417	0.6381	157.845	107.576	39.508
11	8.3065	1.1536	-1.8481	4.3522	-1.3517	4.3902	-0.2086	0.4902	-0.2697	-0.17	0.1753	0.118	0.6789	-0.7692	0.173	0.7483	-0.0935	0.0715	0.7271	-0.1295	0.611	204.772	65.091	14.161
12	4.1104	3.4128	0.8387	2.485	0.7823	1.9296	0.9124	1.7444	-0.0632	0.952	-0.4639	-0.3622	0.0694	-0.2674	-0.143	0.7426	-0.0379	0.0497	0.3964	-0.113	0.9104	200.96	64.359	16.008
13	2.0046	-0.359	-1.5991	5.7986	0.3958	4.5787	0.2297	-0.009	0.9074	0.0086	0.0455	-0.4679	-0.1631	0.5579	-0.3152	0.6422	0.1982	0.1643	0.3587	0.0016	0.9215	211.222	82.288	17.558
14	6.1065	-1.7349	-1.4427	2.4276	1.5909	6.1698	0.6184	0.2295	0.4995	-0.2584	-0.2632	-0.2721	-0.5142	-0.1455	-0.3925	0.6069	0.0102	0.0987	0.5378	-0.007	0.7723	232.952	70.834	-9.425
15	1.9945	-1.8773	2.0986	5.8173	-2.0688	4.4678	-0.1677	1.8266	0.0435	-0.2473	-0.2662	-1.2481	-1.349	0.9465	0.1638	0.9522	0.2147	0.0477	1.2413	0.0564	0.8458	219.496	118.21	-32.901
16	1.3801	-1.4107	-0.1147	2.7501	-0.2196	0.9413	-0.0922	-1.789	-0.3007	0.7326	0.9226	0.4931	-2.5167	-2.0862	0.8405	0.8734	0.7722	-0.1215	2.5836	0.3676	0.7955	207.893	118.023	-27.529
17	3.1057	-2.8391	2.4857	4.362	-0.7261	3.3517	-0.4389	-2.2347	-0.7205	0.622	0.5183	1.4286	-0.9623	-2.0526	-0.5585	1.1778	0.7392	0.0025	2.4578	0.065	1.2861	196.327	119.931	-22.442
18	6.5964	-3.9179	2.2795	4.4153	0.3401	4.6117	0.072	-2.7052	-1.7255	-0.0262	-0.0016	1.2264	-1.0229	-1.3119	0.1303	1.135	0.4551	0.0814	2.2585	0.2252	0.992	198.384	116.453	-30.119
19	5.314	1.2087	4.7676	3.9868	1.4486	6.9701	0.2899	-0.1196	-1.4054	-0.3571	0.4544	0.3563	0.7209	-0.971	-0.5872	0.9201	-0.2347	-0.1845	1.5703	0.3006	1.1757	210.397	101.232	-31.068
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 294:373 )	A	294 - 373
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 374:494 )	A	374 - 494
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 495:641 )	A	495 - 641
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 294:430 )	B	294 - 430
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 431:529 )	B	431 - 529
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 530:640 )	B	530 - 640
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 294:343 )	C	294 - 343
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 344:430 )	C	344 - 430
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 431:455 )	C	431 - 455
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 456:641 )	C	456 - 641
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 294:430 )	D	294 - 430
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 431:455 )	D	431 - 455
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 456:529 )	D	456 - 529
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 530:641 )	D	530 - 641
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN E AND RESID 294:323 )	E	294 - 323
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN E AND RESID 324:371 )	E	324 - 371
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 372:417 )	E	372 - 417
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 418:455 )	E	418 - 455
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN E AND RESID 456:529 )	E	456 - 529
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN E AND RESID 530:641 )	E	530 - 641
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 294:323 )	F	294 - 323
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN F AND RESID 324:373 )	F	324 - 373
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 374:402 )	F	374 - 402
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 403:417 )	F	403 - 417
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN F AND RESID 418:529 )	F	418 - 529
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN F AND RESID 530:640 )	F	530 - 640
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN G AND RESID 294:401 )	G	294 - 401
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN G AND RESID 405:417 )	G	405 - 417
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN G AND RESID 418:494 )	G	418 - 494
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN G AND RESID 495:529 )	G	495 - 529
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN G AND RESID 530:641 )	G	530 - 641
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN H AND RESID 294:417 )	H	294 - 417
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN H AND RESID 418:529 )	H	418 - 529
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN H AND RESID 530:641 )	H	530 - 641
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN I AND RESID 294:430 )	I	294 - 430
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN I AND RESID 431:529 )	I	431 - 529
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN I AND RESID 530:641 )	I	530 - 641
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN J AND RESID 294:430 )	J	294 - 430
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN J AND RESID 431:529 )	J	431 - 529
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN J AND RESID 530:640 )	J	530 - 640
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN K AND RESID 294:323 )	K	294 - 323
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN K AND RESID 324:401 )	K	324 - 401
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN K AND RESID 405:430 )	K	405 - 430
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN K AND RESID 431:494 )	K	431 - 494
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN K AND RESID 495:529 )	K	495 - 529
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN K AND RESID 530:641 )	K	530 - 641
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN L AND RESID 294:323 )	L	294 - 323
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN L AND RESID 324:373 )	L	324 - 373
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN L AND RESID 374:402 )	L	374 - 402
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN L AND RESID 403:455 )	L	403 - 455
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN L AND RESID 456:529 )	L	456 - 529
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN L AND RESID 530:574 )	L	530 - 574
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN L AND RESID 575:596 )	L	575 - 596
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN L AND RESID 597:640 )	L	597 - 640

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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