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- PDB-8zra: GerQ filaments from Bacillus amyloiquefaciens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zra
タイトルGerQ filaments from Bacillus amyloiquefaciens
要素Spore coat protein GerQ
キーワードPROTEIN FIBRIL / Endospores / GerQ / spore coat protein
機能・相同性Spore coat protein GerQ / Spore coat protein (Spore_GerQ) / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Spore coat protein GerQ
機能・相同性情報
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Kreutzberger, M. / Egelman, E. / Cao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271276 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular architecture of the assembly of Bacillus spore coat protein GerQ revealed by cryo-EM.
著者: Yijia Cheng / Mark A B Kreutzberger / Jianting Han / Edward H Egelman / Qin Cao /
要旨: Protein filaments are ubiquitous in nature and have diverse biological functions. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables the determination of atomic structures, even from native samples, and is ...Protein filaments are ubiquitous in nature and have diverse biological functions. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables the determination of atomic structures, even from native samples, and is capable of identifying previously unknown filament species through high-resolution cryo-EM maps. In this study, we determine the structure of an unreported filament species from a cryo-EM dataset collected from Bacillus amyloiquefaciens biofilms. These filaments are composed of GerQ, a spore coat protein known to be involved in Bacillus spore germination. GerQ assembles into a structurally stable architecture consisting of rings containing nine subunits, which stacks to form filaments. Molecular dockings and model predictions suggest that this nine-subunit structure is suitable for binding CwlJ, a protein recruited by GerQ and essential for Ca-DPA induced spore germination. While the assembly state of GerQ within the spores and the direct interaction between GerQ and CwlJ have yet to be validated through further experiments, our findings provide valuable insights into the self-assembly of GerQ and enhance our understanding of its role in spore germination.
履歴
登録2024年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spore coat protein GerQ
B: Spore coat protein GerQ
C: Spore coat protein GerQ
D: Spore coat protein GerQ
E: Spore coat protein GerQ
F: Spore coat protein GerQ
G: Spore coat protein GerQ
H: Spore coat protein GerQ
I: Spore coat protein GerQ
J: Spore coat protein GerQ
K: Spore coat protein GerQ
L: Spore coat protein GerQ
M: Spore coat protein GerQ
N: Spore coat protein GerQ
O: Spore coat protein GerQ
P: Spore coat protein GerQ
Q: Spore coat protein GerQ
R: Spore coat protein GerQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,46318
ポリマ－366,46318
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Spore coat protein GerQ


分子量: 20359.041 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: A0A9Q3LI79

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: B. amyloiquefaciens / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -18.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 34.2 Å / らせん対称軸の対称性: C9
3次元再構成解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17798 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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