PDB-8zr8: The Crystal Structure of Nudix Hydrolase from Bacillus methanolicus C1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zr8

タイトル

The Crystal Structure of Nudix Hydrolase from Bacillus methanolicus C1

要素

Methanol dehydrogenase activator

キーワード

HYDROLASE / Nudix Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素 / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / hydrolase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus methanolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Chen, C.Y. / Huang, C.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Nudix Hydrolase from Bacillus methanolicus C1
著者: Chen, C.Y. / Huang, C.H.

履歴

登録	2024年6月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zr8.cif.gz	222.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zr8.ent.gz	180.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/8zr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/8zr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methanol dehydrogenase activator

B: Methanol dehydrogenase activator

C: Methanol dehydrogenase activator

65.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methanol dehydrogenase activator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methanol dehydrogenase activator

C: Methanol dehydrogenase activator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.993, 106.657, 194.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Methanol dehydrogenase activator / Nudix Hydrolase / MDH activator 分子量: 21732.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus methanolicus (バクテリア) 遺伝子: act / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KP10
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→34.75 Å / Num. obs: 34081 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.04498 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 8.27
反射シェル	解像度: 2.11→2.185 Å / R_merge(I) obs: 1.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 3356 / CC_1/2: 0.725 / R_pim(I) all: 0.4116

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.11→34.75 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2688	1613	4.74 %
R_work	0.2246	-	-
obs	0.2268	34022	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→34.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4122	0	0	112	4234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.63
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.996	545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	654
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	718

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.17	0.3262	114	0.3012	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.17-2.24	0.3275	138	0.2807	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.322	98	0.2786	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.42	0.3458	132	0.2994	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.52	0.3964	119	0.2946	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.66	0.3854	144	0.276	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.82	0.3169	168	0.2703	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.04	0.3072	133	0.2792	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.35	0.2912	167	0.2452	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.83	0.2429	127	0.2106	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.83	0.2147	143	0.1753	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.83-34.75	0.2243	130	0.1866	2886	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9756	-0.8919	1.1569	0.8757	-0.9268	0.7067	-0.1445	0.6465	-0.3532	0.0433	-0.0063	0.604	0.2597	-0.6549	0.0002	0.6181	0.0838	0.073	0.6822	-0.1227	0.494	-21.3749	-24.3832	-38.7137
2	3.8498	-0.6963	-0.0661	2.3128	2.8824	3.9994	-0.018	0.5816	0.4103	-0.2783	0.3989	-0.3273	-0.8792	0.155	0.0025	0.2886	-0.0543	0.0727	0.46	0.0669	0.5154	-3.0357	6.8943	-9.4353
3	3.1662	-0.5777	2.3409	3.4252	0.9918	3.6808	0.2266	-0.0507	-0.404	0.0089	-0.2373	-0.0458	0.4997	-0.0694	0.0024	0.2616	-0.021	-0.0307	0.3178	0.0019	0.433	-21.6418	-12.5424	1.278
4	1.2127	1.0475	-0.9888	0.9509	-0.8921	0.8938	0.2422	0.0316	-1.5724	0.3948	-0.8846	-1.2818	1.3791	0.3794	-0.2021	0.7482	0.0928	-0.2334	0.4423	-0.0496	0.6309	-22.4968	-19.6611	-6.6924
5	1.597	-0.6917	0.6869	2.7198	-0.4143	4.1333	0.4539	-0.127	-0.6104	0.0098	-0.3807	-0.0021	0.8287	-0.2187	0.0018	0.3296	-0.0212	-0.0392	0.3276	-0.0173	0.4472	-25.502	-12.6044	-5.1503
6	1.1929	-0.4254	0.8812	1.2244	-0.3127	2.1997	0.0721	-0.3357	-0.2134	0.9904	-0.2878	0.4472	0.7447	-0.3223	-0.0054	0.3416	-0.1442	0.1131	0.5471	0.0535	0.4161	-30.4597	-8.8811	11.0421
7	0.089	-0.2195	0.2245	0.954	-0.2928	0.6517	0.0413	1.0504	-0.095	0.493	-0.3826	0.4533	0.051	-0.5384	-0.0402	0.1993	-0.0549	0.0152	0.5031	-0.0743	0.4261	-34.0379	-4.8419	0.6196
8	0.8507	-1.1992	1.2234	1.4706	-1.7957	4.7579	0.1073	1.1706	-0.3832	0.2536	-0.7572	-0.0619	-1.6892	1.3382	-0.0431	0.2851	-0.0364	0.0025	0.9872	-0.1676	0.6219	-49.7267	-0.0233	-10.91
9	0.6117	0.093	-0.1273	0.3197	0.3075	0.2214	1.0424	1.5654	-0.2689	0.2074	-0.5518	-0.3189	-0.5611	0.7814	0.001	1.2258	-0.0206	-0.225	0.5988	0.0943	0.8811	-7.9928	2.9834	-45.4184
10	2.9555	-0.1048	-0.2462	0.9509	0.4151	0.8616	-0.2567	0.5979	1.9002	0.1794	-0.677	-0.619	-0.4049	0.818	-0.0103	1.1141	0.1694	-0.1351	0.6398	0.0131	0.4993	-0.4713	-0.5448	-36.9172
11	2.6728	-0.7702	-0.0269	3.5047	0.852	2.3189	-0.2665	0.0638	0.0413	0.7439	-0.0008	-0.7313	-0.1522	-0.0462	-0.0013	0.6341	0.1184	-0.0736	0.3531	0.0163	0.4181	-1.1642	-20.0888	-34.2042
12	2.0254	-0.1603	0.3332	1.745	-0.5955	5.2359	-0.3555	-0.1125	-0.3399	0.5991	0.1247	-0.1353	0.3142	0.0144	-0.0002	0.5647	0.1277	0.0122	0.3648	0.003	0.4689	-4.3955	-28.1897	-31.6694
13	0.4791	-0.1053	0.0282	0.089	-0.069	0.3143	-0.5307	-0.3993	-0.8113	-0.5745	0.3426	-0.3887	-0.0114	-0.9947	0.0036	0.6386	0.0368	0.1244	0.5972	-0.0769	0.4839	-13.5582	-31.3432	-32.4329
14	2.0986	1.6102	-0.4817	1.9067	0.8342	1.8004	1.0539	0.1318	-0.3462	0.136	-0.3027	0.5714	0.8366	1.6159	0.0503	0.914	0.3629	-0.2298	0.7994	-0.1042	0.4287	4.7324	-5.7353	-21.5388
15	2.1142	-0.0463	-0.508	2.8804	-0.7488	1.6123	-0.3744	0.6441	0.3542	0.5377	0.4584	0.4914	-0.1852	-0.6636	0.0097	0.7848	0.28	0.0139	0.6204	0.0023	0.4671	-21.0787	-10.8596	-33.6476
16	0.8191	0.7264	0.659	3.2077	0.1953	1.9992	0.1611	0.4204	0.009	1.3272	-0.0162	0.5893	-0.6352	-0.8298	0.0004	1.1407	0.3654	0.1892	0.6479	0.0255	0.5145	-22.6318	-13.5554	-25.0153
17	0.4264	0.4677	0.4964	0.4762	0.5991	0.6462	-0.4703	0.2989	0.2324	0.9115	2.143	1.9198	-0.7833	-0.3673	0.2108	0.6702	0.4028	0.2731	0.8736	0.0714	0.7202	-31.714	-13.3969	-37.5245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 152 through 184 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 5 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 98 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 99 through 146 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 147 through 166 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 167 through 181 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 182 through 190 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 5 through 14 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 15 through 29 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 30 through 98 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 99 through 166 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 167 through 182 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 6 through 42 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 43 through 85 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 86 through 128 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 129 through 151 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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